La microbiologie environnementale

Résumé du document

Les microbes sont présents dans toutes les niches écologiques de notre planète (Ubiquitaire) même les plus extrêmes. Ils sont impliqués dans tous les cycles biogéochimiques.
Les micro-organismes colonisent tous les écosystèmes (air, eau, glace, sédiments), ils ont une grande diversité :

- Métabolique, ils peuvent utiliser n'importe quel substrat comme source de carbone et d'énergie.
- D'organismes microscopiques (bactéries, algues, protozoaires, mycètes...)

Un écosystème typique contient des producteurs primaires, des consommateurs et des décomposeurs (...)

Extraits

[...] L'eau est la plus pure et la moins chargée en nutriments. Un lac situé en région tempérée présente un gradient de température pendant la saison chaude : la surface est plus chaude que les couches d'eau sous-jacentes. Au printemps/été, les radiations solaires réchauffent la surface entraînant la diminution de la densité de l'eau (vents très faibles). La surface est plus légère et les eaux profondes sont froides et lourdes. Il n'y a pas de mélange de couches d'eau : c'est la stratification thermique. [...]

[...] Ce sont les micro-organismes capables de respiration (aérobie, anaérobie) et de fermentations. Production secondaire : Biomasse produite par les consommateurs pendant l'unité de temps choisie. Au cours de la consommation, il y a des pertes de matières et une partie seulement de la matière organique est ingérée dont une partie seulement est assimilée et transformée. De plus, la transformation utile de l'énergie est produite par la respiration aux dépens d'une partie de la matière assimilée : c'est la perte respiratoire. [...]

[...] La flore microbienne tellurique est très variée : bactéries, virus, algues, champignons, protozoaire Les bactéries sont les plus nombreuses de cet écosystème. On a une grande diversité métabolique : autotrophe, hétérotrophe, aérobie, anaérobie On a des organismes spécialisés dans la dégradation de la cellulose, lignine (constituants de la matière végétale), des fixateurs d'azote (N2 atm N2 org), dénitrificateurs. Les micro-organismes abondent au niveau des racines végétales qui libèrent des molécules organiques nécessaires à leur croissance. La rhizosphère est la région du sol où se développe les racines végétales en parfaite symbiose avec la prolifération bactérienne. [...]

[...] - Forte capacité intracellulaire de tamponnage. - Surface externe de la cellule chargée positivement - Protéines stables à pH acide par augmentation du nombre d'acides aminés chargés. Ecosystèmes et organismes alcalophiles Exemple : lacs alcalins Ils sont à pH supérieur à 9-10, ce sont des bactéries et des archaebactéries. La vie à pH alcalin : Les problèmes - Faible concentration extérieure en -Forte concentration extérieure en Na+ - Intégrité membranaire - Stabilité des molécules à pH basique Les solutions - Système de transport de à très forte affinité - Import des par antiport - Surface externe de la cellule chargée négativement. [...]

[...] Les micro-organismes peuvent être indigènes ou étrangers à la zone à traiter. Dans le second cas, ils sont extraits d'un autre écosystème, acclimatés au contaminant, cultivés ex situ puis introduits dans l'environnement à dépolluer. La bioaugmentation est envisagée lorsque la biostimulation ne parvient pas à dépolluer le site. Pour que l'ajout de micro-organisme soit efficace, il faut s'assurer : -Du transport des micro-organismes jusqu'à la zone contaminée. -De la fixation des micro-organismes aux matériaux du sol ou au milieu aquifère. [...]