Cours complet sur l'écologie

Thèmes abordés

Écologie comportementale, écologie évolutive, écologie des communautés, individu, épistémologie génétique, comportement, ressources, femelle, mâle, reproduction animale, photosynthèse, carbone organique dissous, écosystème

Résumé du document

La génétique quantitative s'intéresse à la façon dont la sélection et l'héritabilité affectent le phénotype sans savoir quels gènes sont impliqués.
La génétique des populations s'intéresse à la façon dont les gènes changent sans s'intéresser à la façon dont les traits quantitatifs sont affectés. Elle étudie des variations génétiques dans une population et entre des populations.
Le phénotype regroupe les traits quantitatifs ou polygéniques.
(...)
L'indice FST est une mesure statistique utilisée en génétique des populations pour quantifier la différenciation génétique entre sous-populations au sein d'une population totale. Il est basé sur les fréquences alléliques et permet d'évaluer dans quelle mesure les populations diffèrent génétiquement les unes des autres.
L'héritabilité détermine en partie la rapidité avec laquelle le phénotype moyen évolue en réponse à une sélection artificielle ou naturelle. Elle mesure l'importance relative de la variance génétique dans la détermination de la variance phénotypique.

Extraits

[...] Pourquoi certains combats sont ritualisés et sans blessures, alors que d'autres ont des grands risques? Si les comportements tendent vers l'évitement des blessures, implique que la réduction du risque de blessure est favorable à la survie / fitness des deux compétiteurs de la même espèce, à long terme. - Les signaux de soumission ou de dominance peuvent éviter que les combats deviennent trop violents, permettant aux individus de se rétracter sans perdre trop d'énergie. - Le développement d'appareils ou de comportements orientés vers le combat non létal bois des cerfs, comportement bois-à-bois pour éviter la létalité). Des combats mortels ont été signalés dans des cas où des individus ont une durée de vie courte et peu de possibilités de reproduction. Plus des coûts sont associés aux combats, plus il est probable qu'il y ait des rituels (temps d'initiation plus long, placement, cri, etc). [...]

[...] La sélection naturelle opère sur le fitness relatif. L'évolution est un changement de fréquence d'allèles et non pas un changement de nombre. Modèle d'optimisation : prédis quel compromis particulier entre les coûts et les bénéfices donnera le maximum d'avantages nets à l'individu. La monnaie d'un modèle d'optimisation n'a pas besoin d'être la survie ou la production de jeunes. Le succès global d'un individu à transmettre ses gènes peut dépendre de la recherche de suffisamment de nourriture, du choix d'un bon endroit pour nicher, de l'attraction de nombreux partenaires, etc. [...]

[...] Cela inclut des phénomènes comme la dominance (où un allèle masque l'effet d'un autre allèle) et l'épistasie (interaction entre différents gènes). Effet sélection sur fréquence allélique : si allèle favorisé est dominant ou si locus est additif, allèle favorisé augmente rapidement à fixation ou près. Si allèle favorisé est récessif, l'augmentation est très lente jusqu'à l'atteinte d'une fréquence seuil, puis la fixation arrive rapidement. Variation de la fréquence des hétérozygotes. - Quand allèle favorisé est dominant, chaque individu hétérozygote pour cet allèle exprime complètement le phénotype favorisé ayant la plus grande valeur sélective. [...]

[...] Hypothèse bons gènes : longue queue du paon est un handicap pour la survie au quotidien. Les femelles préfèrent les longues queues (ou d'autres traits équivalents) précisément parce qu'elles sont des handicaps et, par conséquent, agissent comme un signal fiable de la qualité génétique d'un mâle. La queue démontre la capacité d'un mâle à survivre malgré son handicap, ce qui signifie qu'il doit être particulièrement bon dans d'autres domaines. Si une partie de cette capacité est héréditaire, alors la tendance à être « bon » pour survivre sera transmise à la progéniture. Ainsi, les femelles sélectionnent les bons gènes en choisissant de s'accoupler uniquement avec des mâles dont les manifestations indiquent leur qualité génétique. [...]

[...] Puis on utilise la donnée la plus basse de chaque ligne des colonnes standardisées pour le calcul de similarité. Il n'est pas affecté par les différences proportionnelles en abondance entre les échantillons, mais il est sensible aux changements additifs. Utilisé pour comparer 2 communautés, pas plus. Indices de similarité sont utilisés pour analyse de regroupement SLC (Single Linkage Clustering) Les analyses de regroupement sont des méthodes pour parvenir à la classification d'une série d'échantillons. SLC : forme la plus simple de l'analyse hiérarchique et agglomérative. [...]