La conception de la tolérance de Locke est fortement marquée par ses propres opinions religieuses, qui se trouvent être très proches de celles des remontrants. Pour les membres de cette secte, le christianisme se définit comme une morale vécue et non pas comme un ensemble de dogmes. Les remontrants insistent tout particulièrement sur l'importance de la tolérance religieuse. Ne cherchant absolument pas à imposer leur doctrine, ils ne font preuve d'aucun prosélytisme. Ils reconnaissent toutes les formes de christianisme. Leur position religieuse se résume à quelques principes : reconnaître les Ecritures comme la seule règle de foi, vivre chrétiennement, ne pas être idolâtre, ne persécuter personne. Ils ne jugent pas hérétiques ceux qui affichent une opinion différente de la leur en matière de dogmes religieux, et reconnaissent la conscience individuelle comme guide moral.
Cette attitude est partagée par Locke et on en trouve l'écho dans la Lettre sur la tolérance, où il affirme d'emblée que c'est par sa tolérance que la véritable Eglise se caractérise principalement. Locke est très concerné par cette thématique de la tolérance et a écrit à diverses périodes de sa vie sur ce même thème : Essai sur la tolérance (1666) ; Seconde lettre sur la tolérance (1692)… Avec le temps, sa pensée s'approfondit. Il propose toujours un traitement politique au problème de la tolérance, et dès 1660, ses principaux arguments sont formulés.
C'est donc un programme pour une véritable Eglise que Locke nous propose : il s'agit de « vivre suivant les règles de la vertu et de la piété », de « déclarer la guerre à [nos] vices et à [nos] passions » avant de s'affirmer chrétien. La tolérance est dès lors non seulement une exigence morale pour ceux vivant selon les règles religieuses de piété, vertu et charité, s'opposant aux persécutions auxquels se livrent ceux qui se prétendent chrétiens ainsi qu'à ceux qui laissent libre cours à leurs vices et passions, mais aussi politique
[...] Ils reconnaissent toutes les formes de christianisme. Leur position religieuse se résume à quelques principes : reconnaître les Ecritures comme la seule règle de foi, vivre chrétiennement, ne pas être idolâtre, ne persécuter personne. Ils ne jugent pas hérétiques ceux qui affichent une opinion différente de la leur en matière de dogmes religieux, et reconnaissent la conscience individuelle comme guide moral. Cette attitude est partagée par Locke et on en trouve l'écho dans la Lettre sur la tolérance, où il affirme d'emblée que c'est par sa tolérance que la véritable Eglise se caractérise principalement. [...]
[...] La tolérance est donc justifiée par un argument purement politique. Afin de mieux comprendre l'argumentation de Locke, nous allons voir comment celui-ci se propose d'étudier la fonction et les moyens dont dispose l'Etat, puis, de façon parallèle, ceux dont dispose l'Eglise, afin de montrer que leurs buts respectifs sont radicalement différents. Ensuite, il cherche à cerner leurs devoirs en ce qui concerne la tolérance, pour enfin étudier les pouvoirs du magistrat en matière de religion. Toute la théorie de Locke tient sur une stricte séparation de l'Eglise et de l'Etat, qui n'ont pas été institués dans le même but. [...]
[...] On peut alors se demander si, dans une position rawlsienne, ces croyants, sous un voile d'ignorance et ne sachant pas si leur religion sera partagée ou pas par le magistrat, n'opteraient pas tous pour une tolérance mutuelle. Ce qui est sûr, c'est que l'absence de tolérance et l'usage de la force par l'Eglise serait désastreux du point de vue politique. Dans ses arguments, Locke est très pragmatique et ne parle pas d'un point de vue moral mais simplement selon les implications politiques que pourrait entraîner l'intolérance. [...]
[...] Les pouvoirs de l'Eglise sont déduits à partir des raisons de sa création. Parce que l'Eglise a un objectif spirituel, elle ne peut employer que des moyens spirituels. Certes, Locke reconnaît que toute société, pour pouvoir se maintenir dans la durée, a besoin de lois. Même si l'Eglise vise un objectif spirituel seulement, elle est une société de ce monde-ci, et il est donc nécessaire qu'elle se donne des lois que ses membres doivent respecter. Mais les sanctions en cas de non-respect de ses lois ne peuvent être que spirituelles, et elle ne peut pas employer la force pour convaincre des individus d'adhérer à ses croyances. [...]
[...] En effet, dans la théorie contractualiste de Locke, si les hommes ont quitté l'état de nature, c'est pour protéger leurs intérêts civils. Le magistrat, chargé de faire respecter les lois de la justice publique pour garantir la paix civile, est armé de la force réunie de tous ses sujets, afin de punir ceux qui violent les droits des autres Il peut, afin de faire respecter la loi, dépouiller le criminel de ses biens. La crainte du châtiment doit inciter les citoyens à se conformer à la loi. [...]
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