L'analyse par NGS des mélanocytes et cellules de mélanome en contexte épidermique

Thèmes abordés

Mélanocytes, embryologie, mélanome, cellules, mutations, séquençage d'ADN, cancer, tumeur, traitement, biomarqueurs, immunohistochimie, sc-RNAseq, Next-generation sequencing (NGS)

Résumé du document

Le mélanome est un cancer provoqué par un dysfonctionnement des mélanocytes. Ces cellules colonisent principalement les couches basales de l'épiderme ce qui explique que la plupart des mélanomes soient cutanés. Cependant, les mélanomes peuvent aussi survenir dans les muqueuses, dans les méninges ainsi que dans l'uvée.
Bien que l'incidence globale des cancers diminue, celle des mélanomes est en constante augmentation. Globalement bien traités dans leurs stades précoces de développement, les mélanomes sont un défi thérapeutique une fois métastasés.

Extraits

[...] An overview of the Illumina Single-cell sequencing and analysis workflow. (2020) Tang, J. et al. The genomic landscapes of individual melanocytes from human skin. Nature - 605 (2020) Tang, J. et al. The genomic landscapes of individual melanocytes from human skin. Nature - 605 (2020) McCombie, W. R., McPherson, J. D. & Mardis, E. R. Next-Generation Sequencing Technologies. Cold Spring Harb Perspect Med a036798 (2019) van Dijk, E. L., Jaszczyszyn, Y., Naquin, D. & Thermes, C. [...]

[...] Towards Personalized Medicine in Melanoma: Implementation of a Clinical Next-Generation Sequencing Panel. Sci Rep (2017) Lugović-Mihić, L. et al. Melanoma Development: Current Knowledge on Mela- noma Pathogenesis. ACTA DERMATOVENEROLOGICA CROATICA Griewank, K. G. & Schilling, B. Next-Generation Sequencing to Guide Treatment of Advanced Melanoma. Am J Clin Dermatol - 310 (2017) Griewank et Schilling - 2017 - Next-Generation Sequencing to Guide Treatment of A.pdf Davis et al. - 2019 - Current state of melanoma diagnosis and treatment.pdf Davis, L. E., Shalin, S. [...]

[...] Any route for melanoblasts to colonize the skin Exp Dermatol - 673 (2016) Shah, M. & Zedek, D. Piebaldism. in StatPearls (StatPearls Publishing, 2021) Rastrelli, M., Tropea, S., Rossi, C. R. & Alaibac, M. Melanoma: Epidemiology, Risk Factors, Pathogenesis, Diagnosis and Classification. in vivo 7 (2014) Ferlay, J. et al. Cancer incidence and mortality patterns in Europe: Estimates for 40 countries and 25 major cancers in 2018. European Journal of Cancer - 387 (2018) Lugović-Mihić, L. et al. Melanoma Development: Current Knowledge on Mela- noma Pathogenesis. [...]

[...] C'est la phosphatase PTEN qui régule cette voie en convertissant PIP3 en PIP2. Une hausse d'activité PI3K par inactivation de PTEN est à l'origine de la plupart des mélanomes observés. Les mutations activatrices de NRAS activent également la voie PI3K. c-KIT c-KIT est un RTK dont le ligand joue un rôle important dans le développement des mélanocytes. Des études immunohistochimiques ont prouvé que la transition du mélanome bénin au mélanome métastatique était associée à une perte d'expression de c-KIT. Les mutations au niveau de ce récepteur sont observées dans les mélanomes des personnes exposées chroniquement au soleil. [...]

[...] Une des technologies NGS indiquée pour régler les problèmes posés par le séquençage de mélanome est le single-cell RNA sequencing (scRNA seq). Il permet une étude du transcriptome de chaque cellule tumorale individuellement. Principe du sc-RNAseq[24] Les cellules des tumeurs sont individualisées et triées par procédé physique ou enzymatique. Elles sont lysées puis l'ARN est récupéré et converti en ADNc par une transcription réverse. L'ADNc est ensuite amplifié pour créer des librairies (Fig. 3). Celles-ci pourront ensuite être séquencées. Les données recueillies seront ensuite analysées par des data analysts. [...]