La visualisation de l'affichage des liaisons covalentes d'une molécule

Thèmes abordés

Visualisation, affichage, liaisons, covalentes, molécule, atomes

Résumé du document

Le but de cet exercice est de visualiser l'affichage des liaisons covalentes d'une molécule. Les couleurs des segments représentant les liaisons devront correspondre au type des atomes qu'ils relient. Lorqu'une liaison est présente entre deux atomes de types différents, chaque moitié du segment prendra la couleur correspondant au type de l'atome qu'il prend pour sommet.
L'obtention des coordonnées des atomes de la molécule se fera grâce au chier PDB de la molécule. Le parsage des données présentes dans ce chier se fera en langage Ruby. Enn, l'affichage sera réalisé avec la bibliothèque Glut en langage C pour OpenGL.

Extraits

[...] Le parsage des données présentes dans ce chier se fera en C pour OpenGL. langage Ruby. Enn, l'achage sera réalisé avec la bibliothèque Glut en langage Récupération des coordonnées des liaisons de la molécule en Ruby 1.1 Parsage du chier PDB Les coordonnées des atomes dans l'espace sont contenues dans le chier de la molécule issue de la Protein Data Bank. Il existe un module BioRuby capable de parser ces données, c'est donc lui que nous allons utiliser. Dans un premier temps, il faut stocker la structure dans une variable. [...]

[...] Université Bordeaux I Le 06 Janvier 2011 Florence MAURIER TBS323 : Génomique, Protéomique Structurales Exercice 2 M2 Bioinformatique Responsable : J. C. Taveau Table des matières Introduction Parsage du chier PDB . Stockage des atomes . Calcul et stockage des liaisons Répartition des atomes dans un espace divisé en cubes . Calcul des liaisons covalentes Récupération des coordonnées des liaisons de la molécule en Ruby 2 Stockage des liaisons . [...]

[...] Il ne reste alors plus qu'à tracer le segment reliant le premier atome au milieu, de la couleur correspondant au type de cet atome, et ensuite à tracer le segment reliant le second atome au milieu, de la couleur correspondant à son type Conclusion L'exercice a pu être réalisé, cependant, deux points resteraient à améliorer. D'une part, lors de la création du chier .h contenant les coordonnées des atomes et des liaisons, il se créé une virgule de trop à la du tableau des liaisons. Il doit exister un meilleur moyen que de l'enlever manuellement. D'autre part, nous pouvons remarquer que lors de l'achage de la molécule, certains groupes d'atomes sont isolés. [...]

[...] Il existe donc des liaisons qui ne sont pas achées. Cependant, si nous augmentons la marge lors du calcul des liaisons en Ruby, nous voyons apparaitre des liaisons qui n'ont pas lieu d'être (à l'intérieur de cycles par exemple). Il s'agit sans doute de liaisons doubles ou triples, dont les longueur sont diérentes, mais que nous ne pouvons cependant diérencier des liaisons simples. Ce défaut constitue une amélioration non négligeable qu'il faudrait réaliser. [...]

[...] Il nous faut donc les coordonnées minimales et maximales pour chaque axe (calcul eectué en même temps que le stockage des atomes dans le chier .h. La partie entière résultant de la division des coordonnées pourra ainsi constituer les indices du tableau. Dans chaque case du tableau sera stocké un tableau contenant les atomes présents dans le cube correspondant Calcul des liaisons covalentes Après avoir initialisé et rempli la grille 3D de cases contenant les atomes bien répartis, nous calculeront donc les distances entre atomes d'une même case et entre atomes de cases voisines. [...]