Biochimie structurale : des AA aux Protéines

Résumé du document

Biochimie structurale : des AA aux Protéines, cours de 45 pages en biochimie.





I. LES ACIDES AMINES

II. LES PEPTIDES

III.LES PROTEINES - STRUCTURES

IV. MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES

Extraits

[...] Rétinoïques 2 Doigts de Zn Motif de Liaison à l'ADN les protéines fibrillaires Myosine et la Tropomyosine du muscle : 2 hélices 33 Enroulements super hélicoïdaux : le Collagène Enroulement Hélicoïdal 3 Hélices α III. PROPRIETES PHYSICO-CHIMIQUES DES PROTEINES A. Masses moléculaires B. Caractère Amphotère H3 N R CO OH Cation pH pHi - ion amphotere point isolectrique pHi C. Solubilité D. [...]

[...] Réactions colorées des protéines E. Propriété antigénique des protéines 34 CHAPITRE IV: MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES I - PHOSPHOPROTEINES 35 II - SULFOPROTEINES III - ACETYLATION IV - METHYLATION V - CARBOXILATION 36 VI - DEIMINATION Déiminase VII - HYDROXYLATION VIII - UBIQUITINATION 37 IX - LES GLYCOPROTEINES/ GLYCOSILATIONS A. Fixation des chaînes glycaniques Liaison N-Glycosidique HN CO CH CH2 CH2OH O O OH NH CO CH3 C NH O Liaison O-Glycosidique HN CH CO Asparagine Serine CH2 CH2OH O OH NH CO CH3 O O N-Acétyl Glucosamine N-Acétyl Galactosamine Résidu 1β-Galactosyl-Hydroxylysyl d'une molécule de collagène β NH2 CH2 O CH CH2OH HO OH O CH2 CH2 OH CH CO NH Hydroxylysine B. [...]

[...] Dipeptide Carnosine : β alanyl histidine (constituant du muscle) H2N CH2 CH2 C O N CH H CH2 COOH NH βalanyl N Histidine 17 B. Tripeptide Glutathion : γ glutamyl cysteinyl glycocolle HOO C CH CH2 CH2 CO NH NH2 CH CO NH CH2 CO OH CH2 SH Cas particulier : la liaison se fait avec la fonction γ carboxylique. TRF ou TRH : Thyrotropin-Releasing Factor/ Hormone pyroglutamyl histidylprolinamide H2C C O N H CH2 CH CO NH CH CH2 CO N CH2 CH C NH2 O CH2 CH2 N NH 18 C. [...]

[...] DEFINITION R CH NH2 COOH II. PROPRIETES PHYSIQUES A. CARATÈRE AMPHOTERE - R CH NH3 COOH p K1 R CH NH3 + COO R p K2 CH NH2 COO pH acide Cation pH alcalin Anion R CH NH3 COOH p K1 R CH NH3 + COO - R p K2 CH NH2 COO - pH acide pH alcalin 2 B. STEREO-ISOMERIE: géométrie dans l'espace L - glyceraldehyde D - glyceraldehyde L D 3 C. HYDROPHOBICITE D. [...]

[...] STRUCTURES DES PROTEINES la structure primaire : Rotations possibles : degré de liberté autour des Carbones α 23 Structure Chaîne Principale N-ter Libre Chaîne Latérale : R C-ter Libre Cα α C N O la structure secondaire Hélice Alpha Liaison CO-NH Cα α C N O R H 24 Protéine Leucine-Zipper 2 Hélice α: Leucines Résidus Hydrophobes Zone d'interaction avec une protéine identique Le feuillet plissé β Liaison H Anti-Parallèle Liaison peptidique Cα α R : chaînes latérales se dressent presque à angle droit: vers le haut - vers le bas Parallèle C R N O H 25 Anti-Parallèle C N N C Parallèle C N C N Représentations des Hélices Alpha et Feuillets Béta Hélice α N O C parallèle anti-parallèle ‘twisted' + Coude β 26 La structure tertiaire Structure 3D de la Ribonuclease A Hélice α Feuillet β ribonuclease A Coude β Structure 3D de l'Insuline: Chaîne A + Chaîne B Chaîne A Chaîne B 27 La structure quaternaire EX: 2 sous-unités α et β Héxamère 2α + 4β : Prefoldin α β sous-unité β sous-unité α Vue de Coté Vue du Dessus 28 EX: Immunoglobulines Sites d'anticorps Papaïne Fab Fc 29 Structure IgM Structure IgG Structure IgA Hsp Hsp60 Chaperonin Les PRIONS PrPc PrPsc 43% de feuillet β Mutations Asp 178 >Asn contact 31 les protéines globulaires: Myohemerythrine Immunoglobuline (Domaine Pyruvate Kinase (Domaine Pré-Albumine Doigts de Zinc 25 AA stabilisés par un ion Zn2+: - 2Cys + 2His - 4Cys Eléments Répétitifs: 2-3 Doigts de Zn Liaison ADN 32 Famille des Récepteurs Stéroïdiens : Motif commun de Liaison à l'ADN Estrogènes - Glucocorticoïdes - H. Thyroïdes - Progestérone - Vit D.- Ac. [...]