La structure des protéines moléculaires en 3D

Thèmes abordés

Libmol, protéine moléculaire, acide aminé, cystéine, hémoglobine, atome, chaine polypeptidique

Résumé du document

La cystéine comporte 3 atomes de carbones, 2 atomes d'oxygène, 7 d'hydrogène, un atome d'azote et un atome de soufre. Ces atomes sont organisés en plusieurs groupements : un groupement acide (COOH), un groupement amine (NH2) et un radical (ici CH2-SH) autour d'un carbone central.
L'hémoglobine a une forme de « donuts » composée de 4 sous-unités possédant chacune un groupement particulier dans leur centre. Ce groupement particulier est appelé « groupement hème » et contient un atome de fer dans son centre, ce qui permet à l'hémoglobine de fixer l'oxygène dans les poumons et la relarguer dans les tissus.

Extraits

[...] Il existe 20 acides aminés différents dans notre corps pour composer nos protéines. Ici, nous les retrouvons tous a l'exception de l'isoleucine. On peut par exemple citer la valine, l'arginine ou encore la glycine. Sélectionner « Protéines », Représenter en « Boules et bâtonnets », Colorer par « Chaînes » De combien de chaînes est constituée l'hémoglobine ? L'hémoglobine est constituée de 4 chaines polypeptidique, a priori semblable. En réalité l'hémoglobine est un hétérotétramères composé de deux chaines alpha et de deux chaines beta. [...]

[...] Menu Fichier rechercher dans la librairie de molécules la Cystéine Menu Commandes : Sélectionner « Tout », Représenter en « Boules et bâtonnets », Colorer par « Atomes ». Remarque : Cet affichage représente : Les atomes boules) et les liaisons (les bâtonnets). Nommer et dénombrer les atomes constituant l'acide aminé Cystéine : La cystéine comporte 3 atomes de carbones atomes d'oxygènes hydrogènes, un atome d'azote et un atome de souffre. Ces atomes sont organisés en plusieurs groupements : un groupement acide (COOH), un groupement amine (NH2) et un radical, (ici CH2-SH) autour d'un carbone central. Modéliser la structure d'une protéine : l'hémoglobine humaine. [...]

[...] Modéliser la structure de la protéine CFTR (réaliser le même travail que précédemment) Nommer les atomes constituants la protéine CFTR ? On retrouve les mêmes atomes que précédemment, à savoir le carbone, l'oxygène, l'azote, le souffre et l'hydrogène. Quel est le type de résidu constituant la séquence de la protéine Comme pour la molécule d'hémoglobine, les résidus de ce pore sont là encore des acides aminés. Nommer 3 exemples de résidus de la protéine La protéine CFTR est composé de tous les acides aminés présent dans notre corps parmi lesquels l'acide aspartique, l'aspartate et la leucine. [...]

[...] Ce sont les atomes d'hydrogènes qui ne sont pas représenté ici, surement pour éviter l'encombrement visuelle de l'image et la meilleure visibilité des différentes structures. Sélectionner « Protéines », Représenter en « Boules et bâtonnets », Colorer par « Résidus » Remarque : Un résidu est un groupe d'atomes constituant une sous-unité d'une chaîne dans un modèle moléculaire. Quel est le type de résidu constituant la séquence de la protéine ? Une séquence protéique est toujours composés d'acides aminés. D'autres résidus peuvent parfois s'ajouter, comme des arbres sucrés par exemple dans les glycoprotéines ou encore des acides gras dans les lipoprotéines. [...]

[...] Chez les personnes atteintes de la mucoviscidose on observe une mutation du gène codant pour cette protéine, entrainant la disparition ou la mal-fonction de ce pore membranaire. On peut également observer une autre molécule logée en son centre, mais le pore étant fermé elle ne peut pas passer. Cette protéine est constituée d'une unique chaine polypeptidique très complexe. En effet, étant un pore membranaire, elle peut changer de conformation pour s'ouvrir ou se fermer selon si elle est phosphorylée ou non. [...]