Utilisation d'une grille de calcul : GRISBI pour l'assemblage de génomes séquencés par NGS - publié le 01/12/2014

Thèmes abordés

Grille de calcul, GRISBI, assemblage de génomes séquencés, NGS, segments d’ADN, Mollicutes, Scaffold

Résumé du document

Les approches de séquençage de nouvelle génération permettent désormais d'obtenir très rapidement des séquences de génome entier, en particulier pour des petits génomes tels que ceux de bactéries. Cependant, l'obtention de séquences "de haute qualité", totalement assemblées,
sans manque ni ambigüité reste problématique. En effet, ces dernières étapes sont très couteuses en temps et en argent. Ainsi la production d'un génome complet peut prendre quelques jours, mais son finishing peut s'étaler sur plusieurs mois.

Extraits

[...] C'est pourquoi il est indispensable d'évaluer la qualité des séquences elles-mêmes Pipelines FRCurve et amosvalidate de la suite AMOS Des cinq courbes présentées dans la figure celle qui correspondrait au meilleur assemblage serait celle associée à la valeur de K-mer 20. Dans la figure 4.5 c'est elle qui atteint 100% de couverture avec le plus petit seuil de features. Dans la figure 4.5 son L50 est supérieur à celui des autres pour de plus grandes valeurs de seuil de features. Les courbes obtenues via FRCurve ont l'avantage de renseigner sur la qualité de la séquence des contigs assemblés, ce qu'aucune des mesures vues précédemment ne faisait. Cependant leur utilisation est restreinte du fait du format d'assemblage requis en entrée. [...]

[...] Je tiens à témoigner toute ma reconnaissance à mon maître de stage, Alexis Groppi, qui s'est mis à ma disposition. Son accueil, sa confiance ont rendu ce stage intéressant. Je le remercie également pour sa patience, son amabilité et son soutien. Je remercie tout particulièrement Aurélien Barré et Tiphaine Martin pour l'aide qu'ils m'ont apporté, ainsi que toutes les personnes du CBiB, pour l'expérience enrichissante et pleine d'intérêt qu'elles m'ont fait vivre durant ces six mois de stage. Enfin, je remercie ma tutrice, Patricia Thébault, pour ses conseils lors des différents suivis Bibliographie http://sourceforge.net/apps/mediawiki/amos/index.php?title=AMOS. M. Burrows, D. J. [...]

[...] 1.2 ABySS.jdl . ABySS.sh . Exemple de fichiers pour lancer un job paramétrique sur GRIBSI . ABySSparam.jdl . ABySSparam.sh . B Annexes PlaFRIM Exemple de fichiers pour lancer un job array sur PlaFRIM . abyssArray.pbs . abyssArray.sh . C Évaluation de la qualité d'assemblage Calcul du N50 (fonctions python) . [...]

[...] cerevisiae avec ABySS b.2) Pipelines FRCurve et amosvalidate de la suite AMOS Discussion Utilisation de GRISBI . Évaluation de la qualité d'assemblage . Nombre et taille des contigs, N50 et L Filtrage des contigs . Précision et intégrité . 5.3 Visualisation de la répartition par taille des contigs . Pipelines FRCurve et amosvalidate de la suite AMOS Choix d'ABySS . Conclusion Remerciements . Bibliographie . A Annexes GRISBI Exemple de fichiers pour lancer un job simple sur GRIBSI . [...]

[...] fasta does ' nt exist . " fi e l s e echo " reads . fasta does ' nt exist . " fi e l s e echo " reads . tar . gz does ' nt exist . " fi Exemple de fichiers pour lancer un job paramétrique sur GRIBSI ABySSparam.jdl #run ABySS JobType = " Parametric " ; Executable = " / bin / bash " ; Arguments = " ABySSpram . sh reads . tar . [...]