Utilisation d'une grille de calcul : GRISBI pour l'assemblage de génomes séquencés par NGS

Thèmes abordés

Grille, calcul, GRISBI, assemblage, génomes, séquencés, NGS

Résumé du document

Les approches de séquençage de nouvelle génération permettent désormais d'obtenir très rapidement des séquences de génome entier, en particulier pour des petits génomes tels que ceux de bactéries. Cependant, l'obtention de séquences "de haute qualité", totalement assemblées,
sans manque ni ambigüité reste problématique. En effet, ces dernières étapes sont très couteuses en temps et en argent. Ainsi la production d'un génome complet peut prendre quelques jours, mais son finishing peut s'étaler sur plusieurs mois.

Extraits

[...] cerevisiae avec ABySS b.2) Pipelines FRCurve et amosvalidate de la suite AMOS Discussion Utilisation de GRISBI . Évaluation de la qualité d'assemblage . Nombre et taille des contigs, N50 et L Filtrage des contigs . Précision et intégrité . 5.3 Visualisation de la répartition par taille des contigs . Pipelines FRCurve et amosvalidate de la suite AMOS Choix d'ABySS . Conclusion Remerciements . Bibliographie . A Annexes GRISBI Exemple de fichiers pour lancer un job simple sur GRIBSI . [...]

[...] Bioinformatics, 26(12):1488– Adam Phillippy, Michael Schatz, and Mihai Pop. Genome assembly forensics: finding the elusive mis-assembly. Genome Biology, https://dihpes.bordeaux.inria.fr/doku.php?id=start. Daniel C. Richter, Felix Ott, Alexander F. Auch, Ramona Schmid, and Daniel H. Huson. Metasim—a sequencing simulator for genomics and metagenomics. PLoS ONE, 3(10):e http://sourceforge.net/apps/mediawiki/amos/index.php?title=RunAmos. [...]

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[...] Des structures telles que la grille de calcul GRISBI pourraient répondre à ce besoin. Nous avons d'ailleurs partagé notre expérience de l'utilisation de GRISBI pour l'assemblage de génomes issus de séquençage nouvelle génération lors des "Journées GRISBI 2011" pendant les "sessions posters JOBIM 2011" et bientôt lors des "Rencontres Scientifiques France Grilles" [11]. D'autre part, à l'heure actuelle, la question de l'évaluation de la qualité des assemblages reste entière. L'assemblathon, une collaboration internationale qui en est à son second projet, a pour objectif d'améliorer les méthodes d'assemblage en tentant d'y répondre. [...]

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