Exemple de mémoire pour le DEA d'Agronomie (méthodes d'analyses du transcriptome)

Bruno C.

Commandez une rédaction : Mémoire en Biologie sur mesure

Devis en ligne gratuit

Mémoire Format .doc

Exemple de mémoire pour le DEA d'Agronomie (méthodes d'analyses du transcriptome)

Télécharger

Lire un extrait

Lecture
Résumé
Sommaire
Extraits

Résumé du document

Rapport bibliographique sur les méthodes d'analyse du transcriptome.

Sommaire

I) La génomique fonctionnelle

II) L'étude de l'expression des gènes, analyse du transcriptome

A. Transcriptome
B. Intérêt des études de transcriptome

III) Les méthodes d'analyse du transcriptome

A. Les méthodes basées sur le séquençage
1. EST - Expressed Sequence Tag
2. La méthode SAGE (Serial Analysis of Genes Expression)
3. MPSS (Massively Parallel Signature Sequencing)

B. L'hybridation sur membrane, les puces à ADN
1. Les macropuces
2. Les micropuces à ADNc
3. Les micropuces à oligonucléotides
4. Les possibilités d'utilisation de puces d'ADN

C. Les techniques d'analyseur sur gel
1. La technique cDNA-AFLP (Amplified fragment Length Polymorphism)
2. Differentiel Display Reverse Transcription-PCR (DDRT-PCR)
3. RFLP-coupled DD (Restriction Fragments Length Polymorphism)
4. Screening differential de banques d'ADNc

IV) La comparaison des méthodes

Conclusion

Accédez gratuitement au plan de ce document en vous connectant.

Extraits

[...] Si le génome est identique dans chacune des cellules d'un organisme donné, en revanche, les gènes, eux, peuvent avoir une expression génique spécifique différenciée dans le temps (propre à un stade du développement), dans l'espace (propre à un type cellulaire, tissulaire ou organique) ou/et caractéristique d'un état donné (normal, pathologique ou en réponse à un stimulus particulier). Par l'analyse du transcriptome (ensemble des ARNs = ensemble des gènes exprimés) on peut identifier les gènes impliqués dans la mise en place des mécanismes de résistance à les maladies. Il s'agit de comparer l'expression génétique de plantes de la variété inoculées et non inoculées, en vue d'identifier les gènes dont l'expression est activée ou réprimée lors de la résistance. L'expression d'un gène commence par la transcription de l'ADN en ARN messager. [...]

[...] Les sondes sont soit greffées sur le support, soit synthétisées in situ (unité d'hybridation = plot). Le marquage de cibles se fait par incorporation de radioactivité ou par colorimétrie pour les puces en nylon, de fluorescences pour les lames en verre et les oligochips, par une réaction de reverse transcription (de type inverse du Northern). Les cibles marqués (les ADN à testé) viennent se fixer par hybridation sur les sondes sur arrays ca permet de reconstituer la double hélice d'ADN. [...]

[...] Bachem C., van der Hoeven R., Lucker J., Oomen R., Casarini E., Jacobsen E., and Visser R., (2000) functional genomic analysis of potato tuber life- cycle. Potato Research, vol 43 : 297-312. Bonafoux B. (2003) Nouvelles aplications de la Biologie Moléculaire : l'étude du transcriptome. http://www.google.fr Brenner S. et al., (2000) Gene expression analysis by massively parallel signature sequencing (MPSS) on microbead arrays. Nature Biotech 630- 634 Breyne P., Zabeau M., (2001) Genome-Wide expression analysis of plant cell cycle modulated genes. [...]

[...] micropuces à oligonucleotides Le génome n'est pas séquencé, Des clones d'ADNc séquencé sont disponibles . micropuces à ADNc On ne dispose d'aucune information sur le génome . micropuces à ADNc On désire surtout détecter des différences qualitatives d'expression des gènes ou isoler les gènes différentiellement exprimés Aucune information sur les séquences On dispose d'un séquenceur ou d'un dispositif pour électrophorèses Quantité d'ARNm ( cDNA-AFLP Quantité d'ADNm ( DDRT-PCR Figure 7. Choix de la méthode d'analyse du transcriptome la plus adaptée (d'après Breyne et Zabeau, 2001) cité par S. Mallard 2002. [...]

[...] La figure en prenant en compte tous ces éléments, permet d'optimiser le choix d'une méthode d'analyse des transcrits en fonction des objectifs et des moyens du laboratoire. Les micropuces à oligonucléotides ou à ADNc sont utilisées pour les organismes dont la séquence complète du génome est connue ou pour lesquels on dispose d'une importante collection d'ADNc. La technique cDNA-AFLP est elle utilisée pour les autres organismes, soit la plupart des espèces végétales. Elle possède des caractéristiques qui complètent les micropuces et permet la découverte de nouveau gènes, mais ne permet qu'une analyse qualitative ou semi-quantitative des transcrits (Breyne, Zabeau, 2001). [...]

doc