Les effets des mutations sur la toxicité et l'étude des changements conformationels associés aux interactions protéines - protéines

Résumé du document

Ce rapport de biophysique s'intéresse à l'étude de deux problèmes fréquemment étudiés par les scientifiques : les effets des mutations sur la toxicité et l'étude des changements conformationels associés aux interactions protéines-protéines.
Le premier sujet sera illustré en présentant le cas des viscotoxines, le second sujet en étudiant dans un premier temps les changements de conformation de plusieurs protéines puis leur interprétation
par les différents modèles actuellement utilisés. Cette étude se termine un focus sur la Calmoduline, une protéine largement présente dans le monde biologique.

Extraits

[...] Chern-Sing Goh et al., Cur.Op.Str.Bio. 14,104-109 (2004). [...]

[...] Pour déterminer l'emplacement des deux derniers types de liaisons (ionique et hydrophobe), on va localiser les résidus hydrophobes et chargés (gure 1.23 et 1.24 Fig : résidus chargés ( noir ) et hydrophobes ( rouge ) Fig : résidus chargés ( vert ) et hydrophobes ( rouge ) Hélices : bleu Il est utile, pour analyser les liaisons ioniques d'avoir une idée de la charge associée aux résidus (tableau 4). Pour ce faire on va associer une charge eective à chaque atome en utilisant un jeu de paramètre empirique (CHARMM). [...]

[...] conformation passive conformation active visualisation de la partie mobile Fig : Changements conformationel de la Groel CHAPITRE 2. CHANGEMENTS CONFORMATIONELS ASSOCIÉSAUX INTERACTIONS PROTEINES-PROTÉINE On peut modéliser schématiquement les deux conformations par le schéma de la gure d L1 L2 θ Fig. Etat 80o Etat 65o 2.14 : représentation schématique de la Groel Tab : paramètres de la représentation Calmoduline Cf.partie III Conclusion Dans ce chapitre on a regardé comment s'eectuait le changement conformationel lors de l'interaction d'une protéine avec un ligand. [...]

[...] Nous allons étudier pour chaque modèle les changements conformationels de plusieurs molécules. Pour chaque protéine on étudiera dans un premier temps les deux conformations séparément, ensuite on visualisera le changement de conformation et la région où se situe se changement. Pour nir on déterminera des paramètres géométriques qui pourront permettre de décrire la structure Modèle de l'ajustement induit. Dans ce modèle on autorise l'association d'une protéine avec plusieurs autres en lui accordant une certaine exibilité conformationelle du récepteur. Le récepteur se conforme dans un état où l'ajustement stérique est possible. [...]

[...] La xation de la molécule eectrice induit un changement de conformation spatial de la protéine enzymatique. Autrement dit, la disposition spatiale de ses atomes constitutifs est modiée. Dans le cadre de l'allostérie, cela a pour conséquence de modier le site de liaison de l'un au moins des réactifs impliqués dans le processus de catalyse Groel La conformation passive a une structure tertiaire en L avec un angle entre les deux bras de 80 ( gure 2.12 Elle est composée de 18 hélices alpha de 17 strands qui constituent 7 feuillets bêta (3x3+4x2). [...]