Biologie cellulaire et imagerie - Applications du traitement et de l'analyse d'images

Thèmes abordés

Imagerie, biologie cellulaire, traitement d'une image, analyse d'une image, quantification par électrophorèse, imagerie 3D, fibroblastes, contraste, luminosité, images numériques, images vectorielles, images matricielles, valeur des pixels, résolution de l'image, photons, électrons, histogramme, fluorescence, filtre médian, filtre gaussien, types de microscopie

Résumé du document

Fiche indiquer comment traiter et analyser les images en biologie cellulaire.

Traitement d'image : Amélioration d'image sans modifier les informations
Changer le contraste/luminosité : différence entre pixels sombres et les pixels clairs
Enlever le bruit, avoir un signal alors qu'on n'en veut pas
Densitométrie = quantifier les bandes.
Changer les couleurs, marquage au GFP on le met en vert, si 3 fluorophores, marquage fluo, GFP, DAPI, ACL...
On peut aussi superposer 2 types de microscopies, cependant il faut éviter les décalages et il faut que les images aient la même taille.
Déconvolution : gagner encore plus en résolution, traitement mathématique.
Microscopie super résolutive : résolution x 10.

Extraits

[...] On peut aussi superposer 2 types de microscopies, cependant il faut éviter les décalages et il faut que les images aient la même taille. Déconvolution : gagner encore plus en résolution, traitement mathématique. Microscopie super résolutive : résolution x 10. Imagerie 3D : on gagne une dimension, obtenir une image 3D avec une succession d'images 2D, c'est comme un scanner, cliché sur différentes orientations, l'échantillon tourne. On peut aussi empiler les tranches pour obtenir une MO 3 D. On ne veut pas vraiment une belle image, ce qu'on veut c'est de l'information, quantifier les choses. [...]

[...] Donc l'intérêt de cette microscopie est que la résolution est meilleure, on peut avoir un balayage en obtenir une image 3D à haute résolution, et on a une diminution de la luminescence. Le prix moyen de ce microscope est de 120 000 Euro. [...]

[...] Chaîne de traitement A. Prétraitement > Pour corriger les défauts dus à l'acquisition : changer le contraste et la luminosité, enlever le bruit. On utilise un histogramme : c'est la distribution des niveaux de gris d'une image, on va compter le nombre de pixels possédant la même valeur, utilisation de toute la dynamique, on a plein de valeurs de gris, si on n'utilise pas toute la dynamique moins de gris, pour améliorer les contraste et luminosité, on va agrandir l'histogramme. [...]

[...] Analyse Des particules ou des régions pour quantifier la taille, la forme ou la texture des objets d'intérêt. Il compte les objets et analyse un certain nombre de paramètres, périmètre, nombre . mais attention pas d'intensité de fluorescence, car l'image est en noir et blanc. Donc on va superposer des masques, sur l'image d'origine. Mais on peut s'apercevoir que les objets sont mal délimités et fusionnés. Donc on fait un watersheld, qui va éroder au maximum et dilater pour définir le nombre d'objets et les limites de l'objet. On peut ensuite lancer l'analyse. [...]

[...] En TP, on va colorer les noyaux avec du DAPI, qui est un intercalant. On va aussi faire des marquages avec des marqueurs non spécifiques comme le TRITC (rouge) et le FITC (vert), donc on va utiliser un anticorps secondaire. C'est l'immunofluorescence indirecte, on utilise un Ac primaire qui reconnaît les microtubules, et Ac secondaire reconnaît l'Ac primaire et est couplé aux marqueurs fluorescents. Pour les microfilaments, on utilise la phalloïdine qui est une drogue extraite de champignons qui se lient l'actine. [...]