Travaux pratiques sur la génétique : caractérisation du polymorphisme d'un locus du génome humain

Thèmes abordés

Travaux pratiques génétique, polymorphisme d'un locus, génome humain, allèle, chromosome 15, séquence ADN, nucléotides, cellules, sujet hétérozygote, sujet homozygote, techniques d'électrophorèse, centrifugation, protéinase K, PCR

Résumé du document

Le polymorphisme d'une personne est présent au niveau du locus du chromosome 15 du génome et correspond à une région contenant un microsatellite donné. Le microsatellite correspond à une séquence d'ADN comprenant des motifs allant de 1 à 4 nucléotides. La longueur de ces séquences (c'est-à-dire le nombre de répétitions) varie selon l'espèce, mais aussi d'un individu à l'autre et d'un allèle à l'autre chez un même individu, voire d'une cellule à l'autre.

Extraits

[...] Le gel est par la suite observé à l'aide d'une lampe à UV et analysé. II. Résultats ​ A. Première partie Figure 1 : Électrophorèse sur gel d'agarose III. Discussion L'électrophorèse sur gel d'agarose montre deux bandes pour des poids moléculaires respectivement de 158,5 et de 218,5 qui s'apparente à un individu hétérozygote, mais sachant qu'un gel d'agarose n'est pas assez précis, pour environ 50 paires de bases les séparant, il est impossible d'affirmer s'il s'agit d'un homozygote ou d'un individu hétérozygote. [...]

[...] La digestion de la cellule et l'extraction de l'ADN sont réalisées avec l'ajout d'une protéinase puis il faut penser à bien vortexé pour homogénéiser la solution. Suite à une incubation et une légère centrifugation pour éviter que la condensation restée sur les parois du tube. Après avoir transvasé de tube la solution, une solution de BP est ajoutée à celui-ci, le BP contient de l'éthanol qui permet la dénaturation des acides nucléiques. La solution est vortexé une nouvelle fois pour bien homogénéiser. [...]

[...] L'attente de 5 min à 95 °C ainsi que le refroidissement sur glace permet la dénaturation totale. Enfin la solution est déposée dans un génotypeur automatique puis par la suite mise au froid pour conserver pour la séance 2 et ainsi l'analyser. B. Séance 2 Préparation du gel d'agarose La réalisation d'un gel d'agarose puis coulé dans une plaque permet d'avoir un support et de faire migrer le mélange réactionnel de PCR. Le mélange de PCR est ajouté à un tampon de charge. [...]

[...] Travaux pratiques sur la génétique : caractérisation du polymorphisme d'un locus du génome humain Le polymorphisme d'une personne est présent au niveau du locus du chromosome 15 du génome et correspond à une région contenant un microsatellite donné. Le microsatellite correspond à une séquence d'ADN comprenant des motifs allant de 1 à 4 nucléotides.​ La longueur de ces séquences (c'est-à-dire le nombre de répétitions) varie selon l'espèce, mais aussi d'un individu à l'autre et d'un allèle à l'autre chez un même individu, voire d'une cellule à l'autre.​ Ce TP va nous permettre à l'aide de plusieurs méthodes comme le prélèvement buccal, la PCR ainsi que l'électrophorèse en gel de polyacrylamide ainsi que l'électrophorèse en gel d'agarose, d'identifier si le sujet (ici un des deux étudiants) est hétérozygote ou homozygote et de comparer les deux techniques d'électrophorèse. [...]

[...] PCR (préparation et conditionnement) Pour réaliser la PCR, un kit spécial comprenant différentes enzymes et ions ainsi qu'une solution tampon, et surtout les amorces, permettent de réaliser la solution. Suite à cela un pipetage est réalisé en faisant attention à ne pas contaminer les puits ainsi que les tubes. La PCR est donc réalisée en respectant un schéma précis de conditionnement comprenant 30 cycles, chaque cycle comprend 3 étapes : Dénaturation : Chauffer pour rompre les liaisons hydrogènes pour séparer le double brin (94 °C). [...]