Classer scientifiquement des espèces, c'est reconstituer des relations de parenté entre elles. Pour établir cette parenté, on ne cherche pas « qui descend de qui » (on ne connaît pas l'ancêtre) mais « qui est proche de qui ». Cette proximité entre deux groupes est définie par le partage d'un plus ou moins grand nombre de caractères homologues.
Au niveau des structures anatomiques par exemple, sont homologues les structures qui ont même organisation d'ensemble, mêmes connexions avec les structures voisines, même origine embryologique. C'est ainsi qu'une aile de chauve-souris, une aile d'oiseau ou le bras d'un homme sont soutenus par un squelette comparable leurs membres antérieurs sont donc homologues et traduisent une certaine parenté.
Au niveau des structures moléculaires (protéines ou gènes), l'homologie est établie si les séquences (d'acides aminés ou de nucléotides suivant le cas) présentent des ressemblances « importantes » qui ne peuvent pas être le fait du hasard. La « parenté moléculaire » sera alors d'autant plus proche que les séquences sont voisines.
[...] Évolution de la lignée humaine et environnement A. Une innovation génétique fondamentale, la bipédie Acquise chez les australopithèques, il y a plus de 4 Ma, la bipédie est la première innovation génétique majeure qui va conduire à l'homme à partir d'un ancêtre vraisemblablement quadrupède, commun à l'homme et aux grands singes. On a longtemps cru que les importantes modifications que l'on observe au cours de l'évolution d'une lignée étaient dues à l'accumulation de petites mutations permettant une transformation graduelle au cours du temps (par exemple ici, un passage progressif de la quadrupédie à la bipédie). [...]
[...] On peut établir le portrait-robot de cet ancêtre commun, ses caractères sont ceux qui sont partagés aujourd'hui par l'homme et les chimpanzés et qui ont été légués par cet ancêtre. L'évolution des êtres vivants est le résultat d'innovations génétiques aléatoires qui ont affecté les génomes et d'une sélection naturelle de ces innovations. C'est ainsi que l'apparition de la bipédie est le résultat de mutation portant sur quelques gènes architectes mutations sélectionnées ensuite par l'environnement les premiers bipèdes ont été favorisés dans un milieu de savane. [...]
[...] Il y a sept à huit millions d'années, suite à des mouvements tectoniques importants, une barrière climatique s'installe au niveau du rift africain à l'ouest, le climat reste humide et le couvert forestier se maintient; à l'est, le climat devient progressivement plus aride et une savane arborée s'installe. Dans un tel milieu, l'évolution va sélectionner les individus bipèdes, plus aptes à se déplacer rapidement et à repérer des prédateurs que des singes arboricoles. Les individus bipèdes vont donc être sélectionnés dans le milieu découvert qu'est la savane, au détriment des formes arboricoles qui, elles, vont évoluer en forêt et donner les chimpanzés et gorilles actuels. [...]
[...] Ces caractères peuvent être anatomiques, cytologiques, moléculaires, voire comportementaux. Les caractères pris en compte doivent être homologues, c'est-à-dire avoir des similarités pour lesquelles on peut présumer qu'elles proviennent de l'héritage d'un ancêtre commun. Les liens de parenté ainsi établis peuvent être représentés par un arbre phylogénétique. Les noeuds correspondent à l'apparition de caractères nouveaux, au cours de l'évolution. L'homme est un vertébré, un amniote, un mammifère, un primate, un hominoïde, un homininé, groupe formé par l'homme actuel, les hommes fossiles et les australopithèques, tous bipèdes. [...]
[...] La parenté moléculaire sera alors d'autant plus proche que les séquences sont voisines. Pour chaque caractère, on peut définir un état primitif et un état évolué. Cette notion importante repose sur le fait qu'au cours de l'histoire de la vie, les caractères se transforment, évolue. Considérons par exemple le caractère formations épidermiques (ou phanères) des oiseaux : ces animaux possèdent des écailles (sur les pattes) et des plumes sur le corps. Les écailles se rencontrent aussi chez les reptiles (lézards, serpents) alors que les plumes sont caractéristiques des oiseaux. [...]
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