Etudes préliminaires pour l'enrichissement en champignons d'un compost afin d'améliorer la qualité du produit fini

Résumé du document

Le compost comme amendement organique des sols peut être utilisé pour lutter contre les
maladies des plantes grâce à l'addition de champignons antagonistes. Sept souches de
Trichoderma ont été sélectionnées parmi 16 pour leur aptitude à coloniser un compost produit
à partir de boues de stations d'épuration et de déchets verts. Les essais de confrontation
directe de ces souches contre cinq agents phytopathogènes confirment l'effet inhibiteur et le
pouvoir myco-parasitaire des Trichoderma sp. Cependant leur introduction perturbe la
diversité et la succession des communautés fongiques endogènes présentes au sein du
compost et impliquées dans la biodégradation des composés organiques. Pour limiter cela, ils
ne devront pas être inoculés trop précocement.
Un inventaire de la mycoflore du compost a été réalisé et deux champignons isolés du
compost ont été retenus pour leur vitesse de croissance ainsi que leur activité antagoniste visà-
vis de pathogènes végétaux. Leur inoculation dans les composts n'a pas été efficace et il
serait intéressant d'identifier des conditions de compostage favorisant leur bon
développement spontané.
Les champignons de pourriture blanche cultivés dans un compost pollué peuvent également
participer à la réduction de composés xénobiotiques aromatiques. Deux basidiomycètes de
pourriture blanche capables de se développer de manière favorable sur du compost de
maturité avancée ont été sélectionnés parmi 29 espèces étudiées.
Ce travail a permis une meilleure connaissance de la mycoflore du compost étudié, et a posé
les bases nécessaires au changement d'échelle pour l'implantation des champignons utiles
dans ce compost.

Extraits

[...] longibrachiatum sont souvent isolés de compost, ce qui montre leur forte adaptation à ce substrat. Quant à T. aggressivum, nouveau biotype apparemment issu de T. harzianum, il est connu pour ses capacités à produire des enzymes cellulolytiques mais également pour sa résistance face aux antagonistes microbiens (Savoie & Mata, 2003). Ces différentes propriétés de dégradation et de pouvoir myco-parasitaire permettent à ces espèces de Trichoderma de s'approprier rapidement le substrat de compost. Ce sont ces mêmes qualités qui font de ces champignons des agents particulièrement intéressants en lutte biologique Evaluation du pouvoir antagoniste de Trichoderma sp., Doratomyces sp. [...]

[...] Un marqueur Kb Ledder (1000 pb d'Invitrogen) est placé sur le gel comme marqueur de poids moléculaire. Pour l'extraction d'ADN directement à partir des échantillons de compost, le protocole fait intervenir des traitements préalables et les temps de lyse cellulaire sont rallongés (annexe Amplification de l'ADNr 18 S La région d'amplification utilisée se situe dans l'espace intertranscrit (ITS1) et la sousunité 5,8 S de l'ADN ribosomique nucléaire (Collopy et al., 2001). Cette région est souvent utilisée pour identifier des souches ou des espèces proches. [...]

[...] L'activité β-xylosidase est pratiquement deux fois moins importante dans le compost inoculé avec les Trichoderma et P. citrinopileatus que dans le compost témoin et trois fois moins avec P. ostreatus. En ce qui concerne les activités N-acétyl-glucosaminidases associées à la dégradation des polymères comme la chitine, il semble également que l'introduction des cinq champignons ait provoqué la réduction des activités enzymatiques au sein du compost et ceci de manière plus importante dans les échantillons inoculés avec Tri Tri TVR2 et P. [...]

[...] La croissance mycélienne et la quantité de spores produite sont symbolisées dans le tableau 6. Tableau 6 : Caractérisation de la croissance mycélienne et de la production de spores de 16 souches de Trichoderma Souche Tri CV Tri TVR2 Tri T43 Tri IM Tri 36/36 Tri CE1 Tri J Tri G1 Spores + + + + Mycélium OUI OUI NON NON OUI NON OUI OUI Tri L Tri AV Tri P15 Tri Z Tri B Tri T20 Tri RES Tri TW + - + + + OUI OUI OUI OUI OUI NON OUI OUI Quantité de spores : = Peu ; = Nombreuses ; = Très nombreuses Croissance mycélienne : OUI = Présence d'un développement mycélien à partir du grain ; NON = Aucune croissance A partir de ces observations souches de Trichoderma sp. [...]

[...] Il s'agit d'un procédé de compostage en conditions contrôlées. Pendant la première étape du compostage, les déchets verts et les boues de station d'épuration broyés et mélangés sont stockés dans un tunnel clos pour y subir une aération contrôlée pendant 10 à 12 jours. La température, l'humidité et les échanges gazeux (CO2 et NH3) au sein du tunnel sont mesurés afin de régler le débit de l'entrée d'air neuf, donc d'O2. L'air est canalisé en sortie d'enceintes closes pour être envoyé vers un système de désodorisation. [...]