Il s'agit de donc pour nous de chercher ce qui permet de faire une classification qui peut recevoir la qualification de « naturelle ». Quel critère permet le mieux de déterminer une telle classification ? Il s'agit de cette façon de s'attacher surtout aux critères discriminant élus, en tant que c'est lui qui fait d'une classification une classification artificielle ou naturelle. Mais nous remarquons alors qu'une classification est naturelle non en ce qu'elle a su trouver le bon critère discriminant qui lui permet de suivre l'ordre de la nature, mais en corrélation de l'image que l'on se fait de la nature.
De cette façon, il s'agit dans un premier dans saisir si une classification dite naturelle doit rendre l'ordre de la nature, c'est à dire l'ordre hiérarchique des animaux et des plantes, selon une vision ascendante de la complexité des structures. Cette méthode semble en effet s'imposer de façon justement assez naturelle, puisqu'il s'agit de partir des éléments les plus simples de la nature pour en arriver aux plus complexes, à savoir l'Homme. Mais nous pouvons constater que cette méthode ne peut être réellement dite naturelle en ce qu'elle repose sur une perception axiologiquement connotée de la nature et est le fruit d'un anthropocentrisme. Il semble alors que la méthode la plus naturelle réside dans l'observation et la répartition des êtres vivants en fonction de leurs caractères communs. Cette méthode est ainsi fondée sur la ressemblance des éléments de la nature. Avec cette méthode, il nous semble bien avoir atteint enfin un mode de classification qui correspond tout à fait à l'ordre de la nature. C'est du mois le sentiment des scientifiques de cette époque (XVIIème). Mais il faut prendre en compte les présupposés non négligeables de cette méthode, à savoir la stabilité totale des espèces. Or l'intervention de l'évolutionnisme change le point de vue. Il ne s'agit plus de chercher les ressemblances de caractères, mais les liens de parenté. Tel est le critère qui semble décisif. Nous verrons alors comment ce critère est appréhendé au cours des XVIIIème et XXème siècle, avec l'apparition notamment de nouveaux éléments de la nature à prendre en compte, les bactéries. On passe ainsi d'une systématique de caractère à une classification phylogénétique, puis cladistique.
[...] Il s'agit de suivre ce que la nature nous donne à voir. De cette façon, il semble que l'on ait trouvé LA méthode de classification, et non plus Une méthode. C'est du moins la sensation des naturalistes du XVIIème siècle que nous nous apprêtons à étudier. Observation et critères de classement Il faut mettre en avant dès l'abord le présupposé soutenant la quête d'une classification naturelle dont le souci apparaît au XVIIème siècle. En effet, Linné remarque que de nombreuses méthodes, suivant des critères très distincts parviennent néanmoins à l'établissement d'une même classification au final. [...]
[...] L'âme c'est ce qui détermine la configuration des êtres vivants. Ainsi, au chapitre 1 des Parties des animaux, Aristote explique que dans l'étude des êtres vivants (il parle ici plus précisément des animaux) ce qui prédomine, c'est la question de l'âme, car l'âme c'est la forme, et c'est donc elle qui fait l'animal. Le naturaliste doit donc avant tout étudier l'âme, car si il l'ignore et s'en tient aux ressemblances apparentes de la physionomie des êtres, c'est-à-dire à la matière, ou à la méthode dichotomiste de Platon, alors c'est la vie elle-même qui lui échappe et l'ordre même de la nature. [...]
[...] Cette mise en place de la dénomination binominale est un apport majeur en biologie. Pour établir cette distinction de genre et d'espèce, il faut donc s'appuyer sur le caractère, c'est-à-dire la structure choisie pour être le lieu des identités et différences pertinentes. Ainsi pour Linné ce caractère discriminant est l'organe sexuel de la plante, il réside donc dans la description la plus soignée de la fructification de la 1ère espèce. Toutes les autres espèces du genre sont comparées à la 1ère en bannissant toutes les notes discordantes. [...]
[...] Et cela permet d'exprimer à nouveau en des termes nouveaux en accord avec les découvertes du XIXème et XXème siècle une échelle des êtres, avec au sommet, bien sûr les primates, et l'homme. Transition et critique d'une telle classification. Cette manière de concevoir la nature s'ancre si bien dans les esprits et semble si naturelle (car tout homme se voit naturellement supérieur à tout animal) qu'elle fut un frein important. Il n'est cependant pas possible de tenir en fait une telle classification hiérarchisée comme une classification naturelle. [...]
[...] L'âme sensitive, cette dernière âme, se caractérise comme son nom l'indique par la présence de la sensation, ce qui induit une évolution dans la structure des êtres la possédant, car ils possèdent nécessairement des organes correspondant, donc en plus. L'âme sensitive induit aussi le mouvement local. De cette façon, ce type d'âme est celui propre aux animaux. On remarque ainsi que les animaux possèdent l'âme nutritive + l'âme sensitive. L'âme intellective, caractéristique uniquement de l'homme, étant la possession du Logos. L'homme a donc 3 âmes. En ce sens, sa structure est plus complexe, il est au sommet de la hiérarchie des êtres. [...]
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