Les puces à ADN - publié le 22/10/2007

Résumé du document

Comment fonctionne une puce à ADN ? Quel est son principe ? Quelles sont ses applications ?

Extraits

[...] ( Ajustement des données : transformation logarithmique de façon a avoir une distribution uniforme ( Distribution des rations non uniforme : problème pour les test statistiques ( Utilisation des log-ratio : distribution uniforme se rapprochant de la loi normale ( Le plus facile à calculer, on le fait grâce aux zones ou la réaction est non spécifique, permettant en moyennant de trouver l'intensité du bruit de fond. On calcule alors l'intensité net à chaque spot : ( Intensité nette = intensité bruit de fond. [...]

[...] 2nde étape : normalisation ( Qu'est ce que normaliser ? ( Correction des différences systématiques entre échantillons et qui ne représentent pas de réelle variation biologique entre les échantillons ( Pourquoi normaliser ? Pour corriger des biais expérimentaux - Dépendant de l'intensité globale des spots - Dépendant de la localisation des spots sur la puce - Dépendant du type de sonde - Dépendant du type de scanner ( Méthodes de normalisation : ( La méthode est basée sur un ajustement global : normalisation par la moyenne ou la médiane - Normalisation Loess ( on obtient une courbe de régression (méthode de normalisation prenant en compte la position sur la puce) - Normalisation par régression linéaire ( Méthodes de normalisation inter-puces - Normalisation : comparaison entre deux expérimentations ( Chaque condition est hybridée sur une puce ( L'utilisation des intensités globales permet une normalisation de toutes les valeurs et la comparaison entre les expérimentations - Standardisation : comparaison entre différentes expérimentations Analyse des données ( Quels sont les gènes exprimés différemment dans une condition par rapport à l'autre ( Tests statistiques ( Comment classer les gènes relativement à leurs mesures d'expression dans plusieurs expériences ? [...]

[...] Puces à ADN Principe ( Quantité d'ARN m mesuré pour déterminer quels gènes sont exprimés par la cellule ( Le niveau d'ARN correspond-il au niveau en protéine ? - Très forte corrélation entre le taux d'expression et la quantité de protéine - Pour les gènes peu exprimés, il n'y a pas de corrélation ( Avec une puce à ADN on n'a pas la totalité de l'information ( L'idéal serait d'avoir accès à la quantité protéique (difficile à quantifier) Méthode ( Il existe 2types de techniques pour effectuer une puce à ADN : - Le cDNA Microarrays : on a alors un test de référence et un test ou la production de cDNA à partir d'ARNm est hybridé sur la puce avec 2 fluorophores. [...]