Ecologie microbienne des sols : dynamique des populations microbiennes, interactions et gestion de la qualité des sols

Résumé du document

Ce document, de type PowerPoint, présente de manière synthétique le thème de l'écologie microbienne des sols, de l'analyse théorique des populations microbiennes à la mise en pratique de ces populations dans la gestion de la qualité des sols.

Extrait de la première partie :
La population, c'est l'ensemble des individus de même espèce occupant un même écosystème. C'est l'unité fondamentale des systèmes écologiques.
Il existe une interconnexion des populations.

Extraits

[...] japonicum K jours - Régulation des bactéries dans le sol : prédation a jours 40 b d a b c mft Log bactéries/g sol K A jours 40 N amibes/g sol sec B protozoaires Construction d'un modèle prédateur proie décrivant les observations expériementales : Choix du modèle : Lotka Volterra Schéma fonctionnel associé: x 2x x + y y 0 Le substrat limite la croisance bactérienne x + s (1+R1)x x + y (1+R2)y + 1/R1s y 0 est une hypothèse peu réaliste x + s (1+R1)x x + y (1+R2)y + p1s y p2s Formulation en équations différentielles dx/dt = bR1xs axs dy/dt = aR2yx cy ds/dt = -bxs + p1axy + p2cy Transformation du modèle en une expression intégro-différentielle dx/dt = rx(1-x/K - xy du + e∫01y du) axy dy/dt = (aR2x c)y avec R1s0 + x0 a/K R1(1-R1p1) c/K R1p2 R=bK Analogie modélisation-expérimentation Simulation par le modèle sur la base des données expérimentales proies protozoa Le modèle est descriptif ! Explicatif Prédictif? 1 - Régulation des bactéries dans le sol : compétition + prédation Log bactéries Sol désinfecté K E coli Sol désinfecté + mft indigène Sol naturel 30 jours amibes indigènes E. [...]

[...] coli introduite à 10e7bact/g sol Sol naturel : non inoculé E. coli introduite à 10e6 bact/g sol 30 Mécanisme de régulation très commun : A. lipoferum = espèce autochtone jours Amibes sol naturel log bactéries amibes x1e4 sol stérile mft A. lipoferum K Il existe une interaction sol souche Log bactéries/g sol E. [...]

[...] solani 2 sols composts microcosmes 15L, serres, 15jours, CC Variations de l'ensemble des paramètres mesurés Bio-essai: R. solani/pin of disease suppression -20 -40 -60 -80 D D + GW D + F SMC D + UK SMC Soil of Dijon b a % of disease suppression -20 -40 -60 -80 Soil of St Usage SU SU + GW SU + F SMC SU + UK SMC a a a a a a Diminution de la gravité de la maladie Pas de diminution de la gravité de la maladie Différence de comportement liée à la nature de l'amendement organique, au type de sol aux communautés microbiennes résultantes T-RFLP analysis of fungal SSU rDNA Identifier les groupes microbiens sensibles : clonage-séquençage Unamended soil Fluorescence Time Amended soil Fluorescence Time Les modifications de la structure des communautés fongiques résultent soit de l'introduction par la MO de populations spécifiques antagonistes ou / et de la stimulation spécifique de populations naturellement présentes et antagonistes de R. [...]

[...] solani Nécessité d'étude d'autécologie, ddp Conclusions Importance d'étudier la dynamique des populations devenir de populations introduites qualité des sols fonctions agronomiques lutte biologique biodégradation- bioremédiation bio-indicateurs impact des activités anthropiques évaluation des risques sanitaires boues, fumier ) vos exemples ? Ne peut se concevoir indépendamment des communautés microbiennes et de l'environnement sol Pratiques culturales Géochimie Structure Ressources Agents pathogenes Antagonistes spécifiques Activité des communautés microbiennes Relations entre pratiques culturales et activités infectieuses des agents pathogènes dans les sols abiotic factors and suppression of diseases 3.2 - Involvement of organic amendments in the suppression of soil-borne diseases Fusarium wilt of flax Damping off of pine seedlings Dijon soil : suppressive to fusarium wilt conducive to R. [...]

[...] La plupart se trouvent sous forme de microcolonies, liés aux particules de sol, dans ou à l'extérieur d'agrégats. Où sont ils localisés ? A la surface d'agrégats de sol A l'intérieur d'agrégats bacteria Où sont ils localisés ? Colonie fongique se développant à la surface de débris végétaux (Paille de blé) biodégradation Claire Chenu INRA Versailles Microorganismes contribuent à la formation des agrégats du sol Mycorrhizal fungi : * Increase the root surface absorption of the plant (mineral nutrition, water relation) * Enhance mineral absorption of compounds presents in soil solution at low levels Comment aborder les différents compartiments ? [...]