Le docking moléculaire

Thèmes abordés

Docking moléculaire, dièdres, clusters, ligand, espacement

Résumé du document

Quelles sont les valeurs à conserver si on veut refaire cette même procédure ?
Si on veut refaire cette procédure, il faut conserver les coordonnées x, y, et z de la boîte réalisée, le
nombre de points composants les grilles ainsi que la valeur de l'espacement des mailles .
La valeur de l'espacement (spacing) est importante pour avoir une bonne efficacité et une bonne
rapidité de calcul. Ici, on utilise des grandes mailles pour couvrir toute la protéine.

Extraits

[...] Les coordonnées des centres des grilles dans les trois dimensions de l'espace sont : X center red box : 23,556 Y center green box : 215,284 Z center blue box : 122,13 L'espacement des mailles de ces grilles est de : 0,542 angström Illustration Représentation de la boîte Question 4 : Combien de fichiers sont créés ? Listez-les. Suite aux calculs réalisés avec le programme Autogrid fichiers ont été créés : 1fvv.A.map 1fvv.C.map 1fvv.d.map 1fvv.e.map 1fvv.HD.map 1fvv.maps.fld 1fvv.maps.xyz 1fvv.N.map 1fvv.NA.map 1fvv.OA.map 1fvv.S.map 1fvv.SA.map 1fvvall.glg Question5 : Combien de cluster obtenez-vous ? Combien y a t-il de poses dans chacun des clusters ? Quelle est l'énergie de liaison de la pose de plus basse énergie dans chacun des clusters ? [...]

[...] Le meilleur ligand est celui qui possède la plus basse énergie. Question6 : Décrivez l'interaction entre la protéine et les deux poses de plus basse énergie. Les deux poses de plus basse énergie sont les deux premiers ligands ayant pour énergie de liaison à la protéine respectivement -11,33 et -8,61. Voici la position du premier ligand de plus faible énergie à la surface de la protéine : Illustration Position du ligand 1 Illustration Emplacement de l'interaction entre la protéine (jaune) et le ligand 1 (bleu) Voici la position du second ligand à la surface de la protéine : Illustration Position du ligand 2 Illustration Emplacement de l'interaction entre la protéine (jaune) et le ligand 2 (rouge) Illustration Emplacements des deux interactions entre les ligands et la protéine Le ligand 1 se fixe dans une poche assez profonde alors que le ligand 2 interagit avec la protéine en surface. [...]

[...] Laquelle vous semblerait être la plus correcte ? Illustration Visualisation des interactions (points roses) entre la protéine et le ligand 1 (bleu) Illustration 9 : Visualisation des interactions (points noirs) entre la protéine et le ligand 2 (rouge) La poche d'interaction entre le ligand 1 et la protéine est plus profonde que celle du ligand 2. Le ligand 2 interagit vraiment en surface avec la protéine ce qui semble moins résistant, moins stable. Le ligand 2 est très exposé aux autres molécules environnantes qui pourraient facilement rompre cette interaction. [...]

[...] Illustration 10: Nouvelle boîte spécifiquement centrée à l'emplacement de l'interaction entre la protéine et le meilleur ligand (le ligand Question 11 : Quelle est la protéine traitée ? Quelle est son rôle biologique ? La protéine traitée est le complexe cyclin-dependent kinase 2 (Cdk2)/ Cycline A. Pour être active, la protéine Cdk2 doit être associée à une autre protéine nommée Cycline. Le complexe régule de façon positive la prolifération cellulaire en contrôlant la transition G1/S du cycle cellulaire chez les eucaryotes. [...]

[...] Illustration Représentation du ligand avec les liaisons flexibles en vert. Les liaisons rouges ne peuvent pas être modifiées. Question2 : Quel est le but de cette manipulation ? Le raccourci N permet de réaliser une normalisation. Tous les atomes sont visibles. L'image représentant la molécule est zoomée si nous sommes trop loin et éloignée si nous sommes trop près d'elle. Le raccourci C permet de centrer l'image. Question 3 : Quelles sont les valeurs à conserver si on veut refaire cette même procédure ? [...]