Cours de microbiologie PACES (première année de médecine)

Thèmes abordés

Cours de microbiologie PACES, bactériologie, virologie, Pasteur, bacille de Koch, vaccination

Résumé du document

Découverte des bactéries :
- XVIIe siècle : animalcules dans l'eau et la salive : Van Leeuwenhoek.
- XVIIIe siècle : refus de la théorie de la génération spontanée : Spallanzani.
- XIXe siècle : génération spontanée, fermentation, vaccination : Pasteur.
- XIXe siècle : bacille de Koch, agent de la tuberculose => postulat de Koch : micro-organisme doit être présent dans chaque cas de maladie mais absent des organismes sains, doit être isolé et cultivé en culture pure, maladie doit se dvp qd micro-organisme isolé inoculé à hôte sain, même microorganisme doit de nouveau être isolé de l'hôte malade.

Extraits

[...] ) Core polysaccharidique PSC = central = bien conservé, core interne lié au lipide A (KDO et Heptose, perméabilité) + core externe lié aux chaînes O Chaînes antigéniques O = externe = oligosaccharides plus longs que le core, variabilité inter-et intra-espèces, mutants rugueux moins virulents (chaînes tronquées) Protéines = feuillets β, perméabilité sélective, structure Porines classiques = trimères fixés au peptidoglycane, transport molec silencieuse, faux sens, non sens (codon stop TAA TGA TAG) Délétion ou insertion de séquence = macro (éléments transposables, mutations polaires) ou micro (cadre de lecture modifié) délétions difficilement réversibles Propriétés : rares (10-6 à 10-8, compensé par taille énorme des populations donc justifie les associations d'antibiotiques), spontanées, stables, discontinues, spécifiques et indépendantes Transferts génétiques Recombinaison Homologue ou générale : recombinaison par enjambement, échange d'une séquence entre 2 brins entre 2 plasmides ou entre 1 plasmide et 1 chromosome ou entre 2 régions homologues du chromosome homologie nécessaire entre les 2 séquences d'ADN à recombiner, rôle dans les transferts génétiques et la réparation de l'ADN, rôle du système Rec (protéine se fixant sur l'ADN simple brin et provoquant l'appariement, l'échange et la constitution des jonctions de Holliday) Spécifique de site In) : échange d'ADN entre 2 sites catalysé par des protéines les reconnaissant spécifiquement (recombinases spécifiques de sites comme trasposases, résolvases et intégrases) reconnaissance sans homologie de séquences importante, ni besoin de RecA, mais interactions ADN/protéine et protéine/protéine, rôle dans l'échange de gènes de virulence et de résistance Transformation (ADN nu) : transfert génétique d'un ADN nu soluble et présent dans le microenvironnement Découverte : Griffith 1928 Avery 1944 (facteur transformant est l'ADN) Conditions de transformation : ADN bicaténaire, transfert de métabolisme, virulence ou résistance, transformation optimale si lien étroit entre donatrice et réceptrice, bactéries réceptrice dans un état de compétence (paroi cellulaire perméable aux grosses molécules) Phénomène naturel actif et sélectif (différent chez les Gram+ et les Gram-) ou artificiel passif et non sélectif (choc thermique sur milieu riche en Ca, choc électrique) Conjugaison (plasmides) : transfert génétique entre 2 bactéries, déterminé par un plasmide et nécessitant un contact physique entre donatrice et réceptrice Découverte : Lerderberg 1946 Lerderberg et Tatum Principe : Facteur de fertilité F : bactérie qui possède les gènes codant pour la synthèse d'un pili sexuel, prolongement de la cellule donneuse établissant un pont avec la cellule receveuse (contact direct) oriT, opéron tra (région des gènes de transfert), IS Contact initial : formation d'un canal dans les parois bactériennes, linéarisation plasmidique ADN bicaténaire (cassure site spécifique oriT), réplication en cercle roulant, extrémité chez receveuse Divers types de souches Souches (femelles) : réceptrices, pas de facteur F (peuvent l'acquérir par conjugaison) Souches (mâles) : donatrices, facteur F non intégré au chromosome bactérien (peut être perdu spontanément ou non), transmettent de façon épidémique (transfert total ou partiel à sens unique) le facteur F aux souches FSouches Hfr : donatrices, facteur F intégré au chromosome bactérien (peut être excisé), transmettent à haute fréquence certains gènes chromosomiques Intérêts : système de pili sexuel, dissémination des gènes de résistance aux antibiotiques, adaptabilité cellulaire, groupes d'incompatibilités de plasmides Transduction (bactériophages) Phages = virus infectant les bactéries, ne possèdent qu'un seul acide nucléique simple ou double brin, ADN ou ARN (ADN le plus fréquent), possèdent une capside, des queues, des fibres, doués de parasitisme (absence de métabolisme propre), possibilité de transfert de gènes bactériens d'une bactérie donatrice vers une réceptrice (phage donateur) 2 types de phages Phages virulents : cycles lytiques (phage néoformés lyse bactérienne) Phages tempérés : cycles lysogènes et lytiques (intégration au génome bactérien et persistance du prophage) Fonctions : assurer son intégrité et sa reproduction (protéger son acide nucléique, l'introduire dans la bactérie hôte, assurer la multiplication de cette bactérie et la libération des phages de la bactérie hôte) + pathogénicité des bactéries + transduction généralisée (n'importe quel gène, fréquence faible mais constante) + transduction spécialisée (transfert limité à certains marqueurs, phages tempérés) Génie génétique : utilisation de ces techniques in vitro, clonage, expression de gène d'intérêt voire thérapeutique, rôle dans l'industrie, la biotechnologie et la thérapie cellulaire Les bactéries en médecine Sources et voies de l'infection : Peau : porte d'entrée majeure si effractions Muqueuses : plus vulnérables, lieu de déclaration de l'infection buccale (angine), digestive (aliments, eau), respiratoire (légion et eau), urogénital (gonocoque, origine fécale endogène) Facteurs de pathogénicité : nombreux et divers, interactions complexes, caractéristiques d'une fonction de l'espèce, fréquence dépendant de la faction, régulation génétique, acquisition d'ilôts de pathogénicité par transferts génétiques Comment une bactérie provoque-t-elle une maladie infectieuse ? [...]

[...] MICROBIOLOGIE Introduction Découverte des bactéries XVIIe siècle : animalcules dans l'eau et la salive Van Leeuwenhoek XVIIIe siècle : refus de la théorie de la génération spontanée Spallanzani XIXe siècle : génération spontanée, fermentation, vaccination Pasteur XIXe siècle : bacille de Koch, agent de la tuberculose postulat de Koch : micro-organisme doit être présent dans chaque cas de maladie mais absent des organismes sains, doit être isolé et cultivé en culture pure, maladie doit se dvp qd micro-organisme isolé inoculé à hôte sain, même microorganisme doit de nouveau être isolé de l'hôte malade Classification des êtres vivants Anciennes classifications Règne animal et règne végétal macroscopie, morphologie Classification de Haeckel (XVIIe) : règne animal + végétal + protistes microscopie optique Classification de Stanier (XXe) : règne animal + végétal + protistes supérieurs (eucaryotes) + protistes inférieurs (procaryotes) MET Classification de Whittaker (XXe) : basée sur type d'organisation cellulaire et type nutritionnel Classification moderne des être vivants : basée sur la séquence de l'ARNr de la petite sous-unité du ribosome (macromolécules particulières d'évolution lente à vitesse constante, impliquées dans des fonctions importantes et identifiées sont des horloges moléculaires) eucaryotes + eubactéries + archéobactéries Notion de procaryote = cellule unique ou génération + absence de membrane nucléaire, de nucléole, d'appareil de Golgi, de réticulum endoplasmique, d'organite intracellulaire à membrane trilamellaire, de cytosquelette et de mouvements cytoplasmiques (endocytose) + division par scissiparité (pas de mitose) + membrane cytoplasmique trilamellaire + paroi cellulaire rigide + chaînes respiratoires membranaires + ribosome 70S + immobilité ou nage/glissement + transferts génétiques possibles mais sans gamètes Les différents intrus du corps Bactéries = unicellulaires, de l'ordre du µm, coloration de Gram, microscopie optique *400, morphologie, cultivable, test de sensibilité antibiotiques Virus = êtres unicellulaires les plus petits, pas de machinerie cellulaire personnelle, multiplication intracellulaire, microscopie électronique, effet cellulaire, pas de culture antiviraux Champignons = eucaryotes, unicellulaires (levures) ou pluricellulaires (moisissures), taille plus importante antifongiques Parasites = eucaryotes, unicellulaires (protozoaires) ou pluricellulaires (helminthes), différentes formes de vie, cycle chez animaux et Hô Relation procaryote/hôtes Saprophytisme = comportement indépendant de la bactérie vis-à-vis de l'hôte (environnement, peau, flore transitoire) bactéries des flores Commensalisme = développement bactérien au contact des cellules eucaryotes dont elles bénéficient, sans effet délétère pour l'hôte (tube digestif, effet protecteur) bactéries des flores Parasitisme = développement s'effectuant aux dépens de l'hôte bactéries agents de maladies infectieuses Facteurs de virulence (productions moléculaires ou stratégies liées à l'expression de programmes génétiques) regroupés en ilôts de pathogénicité (bactéries pathogènes, acquisition par transfert horizontal de l'information génétique) Bactéries et corps humain Flores commensales humaines Flore cutanée : flore résidente peu pathogène, flore transitoire peut être pathogène Flore broncho-respiratoire : variée et abondante Flore génito-urinaire : rôle de protection, modification en fonction du cycle hormonal Flore digestive : abondante et variable en fonction du lieu Micro-organismes et notion de portage/pathogène Bactéries et environnement Air Poussières en suspension : micro-organismes saprophytes (particules animales, minérales ou végétales) Gouttelettes de Flügge : émises depuis les voies aériennes supérieures, portée de 1m, sédimentent rapidement sur le sol et la surface, vecteurs de pathogènes ORL et bronchiques Fines particules : droplet nucléi ( structure, charge - (phosphates), capture cations, inhibition et régulation autolysines, immunogènes, adhérence Lipoteichoïques = fixation à mb par glycolipides, Mg2+ assure cohésion entre mb cyto et ac lipoteichoïques adhérence bactéries (carries) Teichuroniques Polysaccharides neutres = facultatifs, liés au C6 du NAM, rôle structural et antigénique, polyoside C chez streptocoques (groupage de Lancefield) Protéines = Prot M streptocoque A + Prot A staphylocoque doré + Autolysines (associées à la paroi, dégradent peptidoglycane, régulées par acides teïchoïdes Spécificité des Gram - (plusieurs couches superposées = mb externe 2 feuillets, fine couche peptidoglycanes entre mb externe et interne) Peptidoglycane (muréine) = moins réticulé Membrane externe = asymétrique, cohésion liée aux cations divalents Phospholipides = feuillet interne Lipopolysaccharide (LPS) ou endotoxine = feuillet externe Lipide A = interne = assez conservé, composé de 2 glucosamines phosphorylées et acylées (AG courts, saturés et hydroxylés), agit via macrophage TNF, ROS, PG . [...]

[...] Facteurs liés à la structure bactérienne Facteurs d'adhérence : interactions complexes entre pathogène et hôte facteurs d'adhérence filamenteux (pili), non filamenteux (slime) ou non fimbriae (protéine M streptocoque, hémagglutinine) adaptation à l'environnement, récepteur des cellules Facteurs de colonisation : implantation et multiplication + échappement immunitaire (biofilm, production de substances inhibitrices, production d'IgA protéases) Facteurs d'invasion : pathogènes qui à adhèrent à leurs cibles, pathogènes qui envahissent leurs cellules hôtes (bactéries qui induisent leur propre adsorption par les cellules eucaryotes) réarrangement de la cellule hôte + survie aux antibiotiques et au complément (capsule, lysines) + résistance à la phagocytose (capsule, sécrétion de protéines, lyse du macrophage par multiplication bactérienne) + boost pro-inflammatoire (LPS) Facteurs produits et sécrétés par la bactérie Symptômes en lien avec des exotoxines : enterotoxine des aliments, toxine cholérique, toxine PVL au niveau cutané, neurotoxine agissant sur les jonctions neuromusculaires Symptômes en lien avec d'autre produits bactériens : agressines haluronate lyase (facteur de propagation), fibrinolysine, coagulase Mécanismes de défense de l'hôte Destruction des cellules hôtes : Salmonelloses (envahissement épithélium intestinal, inflammation locale, irritation immunité locale, nécrose tissulaire, dissémination lymphatique et sanguine, progression fièvre typhoïde) + Shigella : enterotoxine, destruction épithélium intestinal, diarrhées fébriles, douleurs Transmission des pathologies bactériennes Transmission directe (sans vecteur humain) : contamination par le sol maladie du charbon Transmission interhumaine : Directe : contact étroit, bactérie fragile maladies vénériennes, infections iatrogènes Indirecte : nourriture, eau, fèces, aérosols, animaux, personnes porteuses saines Prévention des infections bactériennes : hygiène des mains, lutte contre le danger oro-fécal, masques, lutte contre les vecteurs, isolement et précautions complémentaires, vaccination III] Virologie Introduction et structure des virus Tous les virus utilisent une stratégie générale commune pour survivre : empaquetage du génome viral dans une particule qui permet la transmission du virus + le génome viral contient ttes les infos nécessaires à l'initiation et la réalisation d'un cycle complet de multiplication dans une cellule cible Découverte des virus Années 1880 : Koch énonce la théorie germinale des maladies infectieuses (pour chaque maladie infectieuse on peut trouver un micro-organisme spécifique visible au microscope, cultivé sur un milieu nutritif approprié et retenu par le filtre de Chamberland) mais Pasteur montre que l'agent infectieux de la rage est invisible au microscope et non cultivable 1892 : Ivanovski d'écouvre l'agent ultrafiltrable de la maladie de la mosaïque du tabac 1898 : Beijerinck contagium vivum fluidum (bougie de porcelaine) Années 1930-1940 : premières approches structurales cristallisation du virus de la mosaïque du tabac, analyse chimiques des protéines et ARN, microscopie électronique (virus agents infectieux très petits, simplicité de structure, aspect sphérique ou hélicoïdal) Cultures virales sur œuf embryonné, cellules saines ou cancéreuses virus de rubéole, rougeole Définition d'un virus = organismes très petits (10 infectieux et potentiellement pathogènes, incapables de croître et de se diviser, parasites intracellulaires obligatoires, reproduits dans la cellule à partir de leur matériel génétique, génome viral d'ADN ou d'ARN Structure générale d'une particule virale. [...]

[...] Composants obligatoires = nucléocapside Génome viral = un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN), simple ou double brin, segmenté ou non, linéaire ou circulaire, polarité pour les virus à ARN (positif immédiatement traductible ; négatif copie en brin positif avant traduction) base de la classification Régions codantes = protéines structurales (capside et enveloppe) + fonctionnelles (enzymes, régulation de gènes, métabolisme cellulaire) Régions non codantes = régulatrices Capside = protéique, protège le génome, polymérisée, sites d'attachement au récepteur, la forme de la capside n'est pas modifiée par l'absence de génome à l'intérieur Capsides à symétrie icosaédrique = 12 sommets (pentamères) arêtes et 20 faces (hexamères) 3 axes de symétrie (ordre 5 sommets, ordre 3 faces triangulaires, ordre 2 arêtes) nbre de protéines nécessaires à l'assembl age d'une capside = 60 x nbre de triangulation (dans la forme la plus simple, chaque face est constituée par un trimère) Capsides à symétrie hélicoïdale = plantes et bactéries le plus souvent (mosaïque du tabac), virus à ARN le plus souvent négatif, toujours enveloppés (grippe, rage) Capsides à symétrie complexe (poxvirus, bactériophage) Composants facultatifs Enveloppe = membrane qui entoure la nucléocapside des virus enveloppés, constituée d'éléments cellulaires et viraux, dérive par bourgeonnement des membranes des cellules hôtes Structure : double couche phospholipidique, glycoprotéines virales ancrées à la face externe sous forme de spicules (attachement des virus enveloppés à la cellule hôte) Fonctions : morphologie, antigènes viraux de surface (attachement du virus, réponse immunitaire), facteur de fragilité (phospholipides sensibles aux solvants des lipides) Tégument Classification des virus = ordre (virales), famille (viridae), ssfamille (virinae), genre et espèce (virus) En fonction du génome : ARN ou ADN, simple ou double brin, segmenté ou non, linéaire ou circulaire, polarité positive ou négative, génome diploïde En fonction de la structure du virion : symétrique (icosaédrique, hélicoïdale, complexe), enveloppé ou non, nombre de capsomères Etapes du cycle de multiplication virale = attachement, entrée, décapsidation, réplication génomique et expression génique, assemblage, relarguage alternance phases de croissance exponentielle et d'éclipse (croissance bactérienne en 1 seule phase, virale en plusieurs phases) Étapes précoces du cycle : Mécanismes non spécifiques d'adhérence à la surface des cellules pour concentrer les virus à proximité des récepteurs spécifiques facteurs d'attachement : carbohydrates, lectines GAG Reconnaissance spécifique d'un récepteur entre un motif présent à la surface d'une particule virale (protéines de capside, glycoprotéines d'enveloppe appelées protéines de fusion) et un récepteur cellulaire présent à la surface de la cellule cible (protéines, glycoprotéines, glycosaccharides) détermination du tropisme du virus et de la spécificité d'espèce = spectre d'hôte large (récepteur ubiquitaire) ou étroit (récepteur restreint) Attachement : dépend de la quantité de virus et de cellules cibles Pénétration : mécanisme actif nécessitant un apport d'énergie pénétration directe (rare) + par fusion des membranes (virus enveloppés, VIH) + par endocytose (clathrines/cavéolines, influenza) + par endocytose puis fusion (virus enveloppés) Décapsidation = après fusion des membranes à la membrane externe ou après endocytose, transport intracellulaire de nucléocapside, destruction capside par protéases cellulaires (à la mb plasmique pour les virus à ARN) ou mb nucléaire pour les virus à ADN, signal NLS) Synthèse de macromolécules : réplication des génomes, fabrication des ARNm, synthèse des protéines Étapes tardives du cycle : Assemblage des nucléocapsides virales ds cytoplasme (poliovirus) ou noyau (herpesvirus), en général au contact des membranes cellulaires (site d'ancrage des protéines virales) Libération nouveaux virions = par lyse cellulaire (virus nus) ou bourgeonnement cellulaire (acquisition de l'enveloppe) Multiplication selon le type de virus Multiplication virale Information génétique cellulaire = réplication ADN, transcription ADN ARN prot Information génétique virale = réplication ADN, transcription ADN ARN, rétro-transcription ARN ADN, réplication ARN traduction prot Réplication : fait le plus souvent intervenir une enzyme virale, a lieu dans le cytoplasme (virus à ARN sauf rétrovirus et virus de la grippe poxvirus) ou dans le noyau (virus à ADN, rétrovirus, virus de la grippe) Stratégies de réplication = classification de Baltimore Transcription : fait intervenir des enzymes cellulaires (virus à ADN) ou virales (virus à ARN) Traduction : totalement dépendante du système cellulaire, synthèse des protéines virales dans le cytoplasme Enzymes de réplication et de transcription ADN ADN = ADN polymérase ADN dpdte virale ou cellulaire (réplication virus ADN) ADN ARN = ARN polymérase ADN dpdte cellulaire = ARN polymérase II cellulaire ARN ADN = ADN polymérase ARN dpdte virale = transcriptase inverse virale ARN ARN = ARN polymérase ARN dpdte virale (réplication + trancription virus ARN) Virus à ADN Pour la plupart : réplication intranucléaire dpdte de facteurs cellulaires = migration nucléocapside décapsidation passage via pore nucléaire réplication par ADN polymérases ADN dpdtes cellulaires (polyomaviridae) ou virales (herpesviridae, plus gros) transcription par ARN polymérase ADN dpdte cellulaire ARNm viraux (maturation) Poxviridae : réplication cytoplasmique = indpdts de machinerie cellulaire sf pour traduction prot (ribosomes) Ex : herpes simplex virus = Attachement Entrée Fusion Décapsidation (prot virale du tégument Vhs dégrade ARNm cellulaires et favorise prod ARNm viraux, pénétration génome par pore nucléaire, libération ADN et prot α-TIF VP16) Phase très précoce (α-TIF + facteurs transcription cellulaire impose à ARN polymérase II cellulaire synthèse ARNm viraux, trad prot IE ds cytoplasme puis retour ds noyau) Précoce (synthèse prot précoces (enzymes virales) par prot IE qui stimulent transcription gènes précoces et inhibent gènes IE, cercle roulant pour réplication ADN) Tardive (synthèse prot structurales) acquisit° enveloppe et bourgeonnemt Virus à ARN = réplication semi-conservative (synthèse ARN génomique, + expression (synth ARNm et prot), codent une ARN polymérase ARN dpdte virale sf retroviridae (pas équivalent cellulaire dc virus doit la synthétiser rapidemt (ADNsb+) ou apporter enzyme associée au génome ds capside (ADNsb- ou réplication intra-cytoplasmique sf retroviridae et orthomyxoviridae Simple brin polarité positive = pas d'ARN polymérase ARN dpdte ds virion, ARN infectieux, débute par traduction ds cellule, exemple poliovirus Organisation génome viral = un seul cadre ouvert lecture traduction en une seul polyprot clivée par protéases virales ou cellulaires Ex : poliovirus = virus nus résistants ds milieu ext transmis par voie féco-orale, maladie inapparente ds 98% cas, enfants surtout, paralysies irréversibles 1cas/200, vaccin 1988, persistance foyers transmission (Afrique Ouest, Inde, Pakistan) Simple brin polarité négative = ARN polymérase ARN dpdte ds virion, ARN non infectieux, débute par transcription ds cellule, exemple virus influenza (grippe) Caractéristiques structurales = famille ortho-myxoviridae, genre influenza A B plusieurs segments ARNsb(-) segments pour types A et B pour tyoe capside symétrie hélicoïdale (ribonucléoprot RNP = ARN/NP), enveloppe ac hémagglutinine et neuraminidase Organisat° génome viral = gènes 1 à 6 codent pr 1 prot, et 8(NS) pr 2 prot (épissage) Entrée-décapsidat° = hémagglutine prot d'attachement et de fusion endocytose puis fusion mb (baisse pH, prot M2) migration vers noyau (seq signal sur NP) translocation RNP par pores nucléaires transport nucléocapside vers noyau synthèse et réplicat° ds noyau (exception) Réplication génomique - transcription = ARN polymérase virale s.u. [...]

[...] PB1, PB2, PA) 2 types ARN viraux : ARNm traduit ds cytoplasme (coiffe polyA + ARN complémentaires intermédiaires de réplication restent ds noyau Assemblage particules virales néoformées = synth prot structurales par ribosomes, modif posttrad (Golgi), insert° prot HA, NA, M1, M2 ds mb plasm au niveau radicaux lipidiques, formation complexes RNP associés aux prot PA, PB1, PB2 ds noyau, assemblage à mb plasm Libération = bourgeonnement, activité sialidase de neuraminidase permet libération virions Double brin = rétroviridae = ARN polymérase ARN dpdte ds virion, ARN non infectieux, débute par transcription ds cellule, exemple VIH Caractéristiques des rétroviridae = génome diploïde ARNdb(+), non infectieux dc rétrotranscrits en ADN, par une transcriptase inverse virale Entrée = attachement liaison gp120/CD4 chgmt conformation gp120, recrutement corécepteur (CCr5 ou CXCR4) insertion peptide fusion gp41 ds mb cellulaire fusion mb Transcription inverse (ARN→ADN) = ADN polymérase ARN dpdte virale = synthèse ADNc, dégradation ARN (fonction RNAse synthèse 2e brin ADN complémentaire Intégration ADN proviral ds ADN cellulaire = complexe pré-intégration (ADNdb + intégrase + autres éléments viraux et cellulaires) migre ds noyau, puis intégration par clivage ADN chromosomique par intégrase et intégration ADNdb Réplication et transcription de l'ADN proviral en ARN = ARN polymérase II cellulaire, étape liée à l'état d'activation cellulaire, prod ARN génomiques et ARNm viraux Traduction-maturation = précurseur gagpol traduit en gagpol et gag, maturation par protéases virales en PR, TI, IN, CA, NC et MA + précurseur env traduit et glycosylé (Golgi) en précurseur gp160, maturation par protéases cellulaires en gp41(TM) et gp120 Assemblage sous mb plasmique, libération par bourgeonnement Exemple du VIH, histoire naturelle de la maladie : infection virale chronique ayant pour cibles les cellules du système immunitaire, l'infection des LT CD4 par le VIH aboutit au SIDA Evolution génétique virale Evolution génétique = changements permanents d'une population virale sous une pression de sélection Eléments nécessaires : production de quantités importantes de nouveaux virions + taux de mutation élevé + existence de quasi-espèces + pression de sélection Source de variation génétique = étape de réplication (polymérases virales : polymérisation fonction exonucléase pour ADN polymérases, pas d'activité correctrice pour ARN polymérases ARN dépendantes et transcriptase inverse) Mécanismes moléculaires Mutations ponctuelles : erreurs d'incorporation nucléotidique pendant la synthèse du brin complémentaire, erreurs des polymérases virales sans activité correctrice (ARN polymérase ARN dépendante, et transcriptase inverse), plus fréquentes pour les virus à ARN notion de quasiespèce = diversité des populations virales à l'intérieur d'un même hôte issue de l'apparition de mutants pendant la multiplication virale (virus ARN comme grippe, hépatite Echanges génétiques Recombinaison homologue = échange de séquences entre 2 molécules d'acide nucléique, mécanisme du copy choice (échange de matrice pendant la synthèse du brin complémentaire, ARN polymérase virale ou transcriptase inverse, exemple du VIH) Réassortiment des segments génomiques pour les virus dont la génome est constitué de plusieurs fragments = échange de segments entiers de génome lors de l'infection d'une même cellule par 2 virus proches, production nouveau virus Exemples de variabilité génétique virale en pathologie humaine VIH = recombinaison (CRF : formes recombinantes circulantes), Virus influenza = 3 types A B C neuraminidase (NA1-9) + 16 hémagglutinine (HA1-16) 144 Glissement antigénique (pour 3 types A B = mutations ponctuelles surtout au niveau gènes hémagglutinine et neuraminidase, évolution permanente épidémies annuelles. [...]