L'identification de la biodiversité microbienne marine

Résumé du document

Exposé portant sur l'identification de la biodiversité microbienne marine. Microbes. Ce mot est généralement associé à malaises, maladies et mortalité. Et pourtant : sans eux, notre digestion serait plus difficile, le pétrole si prisé de nos jours n'existerait pas, la remise en circulation des nutriments dans les cycles biologiques et géochimiques serait contrecarrée, et l'oxygène si vital n'aurait peut-être pas fait son apparition (Blankenship, 1992, cité par Hugenholtz et al., 1998). On les retrouve en symbiose dans des plantes afin de fixer l'azote atmosphérique, dans les sols où leur rôle de décomposeurs est très documenté, dans les tubes digestifs des animaux, sur la peau, dans les eaux douces et marines où la boucle microbienne est de première importance. Les milieux extrêmes ne les rebutent pas : milieux hypersalins, hyperacides, volcans, sources thermales et océan Antarctique les accueillent.

Extraits

[...] L'arrivée des techniques moléculaires et des puissants outils informatiques a permis de révolutionner l'état des connaissances sur la biodiversité microbienne. L'isolation de l'ADN total et mitochondrial, ainsi que de l'ARN, la technique de réactions en chaîne par la polymérase les enzymes de restriction, les polymorphismes de longueurs des fragments de restriction (RFLP), le séquençage de génotype, les techniques de clonage, les électrophorèses, la fluorescence, etc. ont permis d'effectuer des études directement 3 à partir d'échantillons in situ, et donc indépendantes des contraintes liées à la culture classique. [...]

[...] Le picoplancton (archéobactéries, bactéries et quelques eucaryotes) sera examiné plus en détail Comment déterminer la biodiversité microbienne ? Le monde microbien a été peu étudié par les scientifiques. La première cause de cette absence de connaissances est bien certainement l'impossibilité de les voir à l'œil nu. L'invention du microscope par Van Leeuwenhoek au 17e siècle a permis de démontrer l'existence des micro-organismes et l'ouverture un nouveau champ scientifique, la microbiologie. Depuis cette époque, les connaissances sur la taxinomie bactérienne ont évolué mais restaient néanmoins en deçà de celles concernant plusieurs autres taxons, dont les insectes et les plantes. [...]

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