Biotechnologies et génomique végétale - Le Clonage positionnel

Thèmes abordés

Sciences - Ingénierie - Industrie, Clonage positionnel, biotechnologies, génomique végétale, phénotype, génétique classique, génétique inverse, cartographie, recombinaison génétique, recombinaison méiotique, ADN acide désoxyribonucléique, crossing-over, fraction de recombinaison, indépendance génétique, marqueurs génétiques biochimiques, marqueurs génétiques moléculaires, marqueurs génétiques morphologiques, séquences polymorphes, écotypes Arabidopsis thaliana

Résumé du document

La cartographie génétique est la détermination de la position d'un locus (gène ou marqueur génétique) sur un chromosome en fonction du taux de recombinaison génétique. Elle est donc basée sur l'analyse des événements de recombinaison génétique qui se sont produits entre des marqueurs génétiques et le locus étudié.
Plus un marqueur sera génétiquement proche de la mutation, moins il aura de chances de recombiner avec celle-ci.

Extraits

[...] Économique et manipulable à grande échelle. Marqueurs génétiques morphologiques Peu polymorphes En général dominants (forme, couleur) Peuvent être influencés par le milieu Peuvent interférer avec d'autres caractères Marqueurs génétiques biochimiques Faible nombre de loci susceptibles d'être révélés (isozymes) Spécificité d'organes ou de stade de développement Avantage des marqueurs génétiques moléculaires Marqueurs génétiques moléculaires : séquences​ polymorphes d'ADN aisément​ détectable, utilisées en cartographie génétique pour « baliser » le génome. En nombre quasiment illimité Indépendant du tissu et du milieu Polymorphisme de l'ADN Divers évènements ont pu produire des variants, plus ou moins complexes, dans la séquence de l'ADN. [...]

[...] SMP : single nucleotid polymorphism. En général site de restriction : site palindromique c'est-à-dire qu'on peut lire sur les deux brins. Ecotype B : mutation fonctionnelle sur le site d'enzyme de restriction non reconnue et donc pas couper - Cleaved Amplified Polymorphic Sequences (CAPS) = Séquence polymorphique amplifiée et clivée Ecotype B : pas de site de restriction Produit d'écotype A coupé alors que B non - Simple Sequence Length Polymorphisms (SSLPs) ou Simple Sequence Repeats (SSR) : Microsatellites = polymorphisme de longueur de séquence simple Microsatellite sur l'ADN en générale sur région non codante, séquence très variable et souvent répétée. [...]

[...] 1cM correspond à une ​ FR θ = 0,01 entre 2 loci En réalisant des croisements entre génotypes​ polymorphes et à partir des fréquences de recombinaison entre gènes liés, on peut faire des cartes de liaisons génétiques qui reflètent la structure des chromosomes. La précision des cartes dépend du nombre de marqueurs* utilisés, les premières cartes ont été faites en observant des caractères​ morphologiques ou biochimiques simples (peu de gènes). Autant utiliser directement les variations de séquence de l'ADN marqueurs génétiques moléculaires *Un marqueur génétique est un caractère mesurable à hérédité mendélienne. Marqueurs génétiques moléculaires Marqueurs génétiques Un marqueur génétique est un caractère mesurable à hérédité mendélienne. Polymorphisme : variable entre individus. Discriminant : différencie des individus très proches. [...]

[...] Plus un marqueur​ sera génétiquement proche de la mutation, moins il aura de chances de recombiner avec celle-ci. Recombinaison méiotique Pour qu'il y ai des échanges c'est au cours de la première division. Recombinaison Pendant la méiose, les « crossing-over » provoquent l'échange de matériel génétique entre chromosomes homologues paternel et maternel Échange de segments d'ADN Le matériel génétique est « réarrangé » dans les gamètes La liaison génétique La liaison génétique ​ : tendance qu'ont deux allèles situés sur un même chromosome à être transmis ensemble. [...]

[...] Multiallélique : possède plusieurs allèles à un même locus. Codominant : l'hétérozygote présente les caractéristiques des 2 homozygotes. Intéressant pour étudier l'homozygote contre hétérozygote. Non épistatique : la lecture d'un marqueur est indépendante des autres marqueurs. La séquence na varie pas. Indépendant du milieu : le génotype du marqueur est déterminé à partir de son phénotype, quel que soit le milieu. Reproductible d'une expérience à l'autre. [...]