Analyse moléculaire des organismes : définitions, bases et évolutions

Thèmes abordés

Pharmacie - Santé - Social, Analyse moléculaire des organismes, définitions, bases, evolution, métagénomique, données biologiques, duplications géniques, arbres phylogénétiques, écologie moléculaire, alignements de séquences, modèle Dayhoff, théorème de Bayes

Résumé du document

On peut analyser l'origine du mot "génome" : en 1920, Hans Winkler fait une fusion entre "gène" et le suffixe général "ome". Le génome est donc une séquence de l'ADN nucléaire total correspondant à une copie de chaque CH d'un organisme. L'évolution est une transformation progressive d'une espèce vivante aboutissant à la constitution d'une espèce. Le génome est constitué d'ADN ou ARN (virus) selon les organismes. L'enchaînement de la séquence
nucléotique contient l'ensemble de l'information biochimique vitale transmise à la génération suivante. L'unité fonctionnelle est le gène dont le résultat de l'expression est en général une protéine (mais pas toujours). Pour une espèce donnée, le génome est globalement semblable mais il existe des variations (séquences absentes, présentes, différentes) entre individus, appelés polymorphismes (silencieux ou non).

Le polymorphisme est une présence de caractéristiques variables, génétiquement déterminées, chez les individus d'une même population. Toutes les séquences d'une génome correspondent-elles à des gènes ? Non, beaucoup des séquences sont du non-gène, cela varie de 100% pour E coli à 20-1% chez l'Homme. La complexité des génomes est certaine, il s'agit du nombre de gènes présents dans un génome. Plus il y a de gènes plus le génome est complexe. On mesure sa complexité lorsque sa quantité de sections uniques est importante. La mesure de la richesse en séquence unique est une mesure du c0t1/2 par réaction de renaturation.

Extraits

[...] Signification de la variabilité génétique : profil génétique des pop actuelles = organisation ancestrale + hasard + sélection naturelle + mélanges. Param biologique, démographiques, historiques, envir. Tps et taille des pop sont variables essentielles à considérer : variabilité génétiq chez les hum est faible. Profil de distribution actuel (maladies = héritage transmis. Polymorphisme génétique : dif allèles possibles au niveau d'un même locus dt la freq peut être étudiée à l'échelle d'un indiv ou d'une pop. Le locus est monomorphe s'il n'héberge qu'un allèle (dépend de la taille de l'ech étudié, allèles rares, groupe Rh etc). [...]

[...] Les gènes conservés font parti des gènes qui participent aux fct basiques de orga. Gènes mutés qui induisent maladies sont gènes très conservé au cours de évol. Cartes de synténies – macro et micro synténies : si on compare 2 esp, compare génome très proche car ancêtre commun proche. Pas le même nb de ch, mosaïcisme. Qd on retrouve correspondance entre 2 génome pour définir un ancêtre, conservation de élément = groupe de synténie. Macro qd synténie à grande échelle. [...]

[...] Observation du nombre de topologie en fct du nb d'OTU analysés : nb d'esp influe sur nb de possibilité pour faire arbre phylogénétique, enracinement de arbre introduit possibilité sup de topologie. Par formule, connaître topologies possibles en fct du nb de OTU. Nécessite approximations, utilisation d'hyp pour aller le plus vite sur résultat qu'on pense le meilleur. 27/70 Info que on peut obtenir à partir de reconstruction phylogénique : ex de 4 esp avec 5 caract, arbre avec 7 event évolutifs, non parcimonieux car peut faire proposition avec 6 event, utilisation de caract anamorphologique. [...]

[...] Chapitre 1 : Analyse des génomes et de leur évolution 1. Définitions - génome Génome – origine du mot : 1920, Hans Winkler fusion entre gène et le suffixe général - ome. Génome : séquence de l'ADN nucléaire total correspondant à une copie de chaque CH d'un orga. Evolution : transformation progressive d'une esp vivante aboutissant à la constitution d'une esp. Le génome est constitué d'ADN ou ARN (crt virus) selon les orga. L'enchaînement de la séquence nucléotique contient l'ensemble de l'information biochimique vitale transmise à la génération suivante. [...]

[...] En fct des critères, peut faire regroupements imparfaits. Difficulté d'utiliser critères pour faire classification = subjectivité. Classification de Linné inspirée du fixisme, procède par coupure et non regroupement. Parmi oiseaux aptes au vol, crt ont sternum pour faire classification entre anim avec carène et ceux sans, rapport aux pattes pour arriver à esp → décrire diversité qui nous entoure, syst de clé de systématique. Utiliser des critères morphologiques pour identifier anim → critères anatomiques, physiologiques embryologiques, biochimiques et génétiques sont pas considérés. [...]