L'histoire de Délos s'avère riche et complexe, mais, ravagée à plusieurs reprises par des pirates et divers peuples autour de l'an mille et plus tard dans le Moyen-Âge, l'île, vaste champs de ruines, est comme restée figée, se faisant un immense conservatoire de son histoire, qui grâce aux fouilles archéologiques pourrait être restituée.
D'ailleurs, les fouilles archéologiques proprement dites débutèrent dès mai 1873 par l'Ecole Française d'Athènes, cependant l'île suscita très tôt un grand intêret pour les marins, les voyageurs, les historiens, et enfin les archéologues, ce dès le Moyen-Âge. Cyriaque d'Ancône par exemple, marchand italien amateur d'antiquités visita l'île aux environs de 1445, reporta des inscriptions et réalisa des croquis de vestiges dans son ouvrage Antiquarum rerum comentaria qui, aujourd'hui, peuvent aider les archéologues.
Par ailleurs, ces fouilles menées par l'Ecole Française d'Athènes furent de grande envergure, le premier archéologue à fouiller sur l'île dégagea en partie des habitats sur le sommet du Cynthe et explora l'antre située sur le flanc occidental de la colline qu'il prit pour le temple primitif d'Apollon. C'est en 1877 que son successeur Th. HOMOLLE dégagea le véritable sanctuaire mettant ainsi au jour une remarquable architecture religieuse à la fois archaïque, classique et hellénistique.
Parallèlement de nombreux autres archéologues de l'EFA mirent au jour différents secteurs de la ville antique. Il fut notamment découvert en 1881 la Terrasse des dieux étrangers, en 1882 le théâtre, en 1883 le quartier qui lui est associé, en 1886 le gymnase, en 1894 le port et ses abords. Cette année là, le plan général de la ville fut établi et les travaux suspendus du fait de l'intérêt porté au sanctuaire de Delphes. Ils reprirent en 1902 avec la découverte de l'Agora des Déliens. La fouille du quartier du théâtre fut entreprise avant la première Guerre Mondiale et permit de mettre au jour différents monuments comme le Dôdékathéon, le monument de granite, la terrasse des lions, la salle hypostyle, la fontaine Minoé,…Ensuite les fouilles prirent un rythme moins soutenu, d'autres découvertes furent faites dans l'entre-deux-guerres, et après 1945 : la maison d'Hermès, la maison de Fourni, le quartier de Skardhana ,… Ce ralentissement de l'extension de la zone fouillée s'opposait à la multiplication des publications constituées entre autre d'une centaine d'articles, et d'une cinquantaine d'ouvrages, qui témoignent de la richesse de ce site, qui est à ce jour l'un des mieux connus de Grèce.
Ainsi, la ville antique, au cours de l‘histoire, a subi de nombreuses transformations d'aménagement et d'organisation du territoire dans le but de fournir à sa population des conditions de vie convenables et pratiques.
[...] L'espace entre la mer et ce nouvel édifice se lotit progressivement, construit sans véritable plan régulier, soumis à la topographie de la colline et prenant appui sur axe de la Rue du théâtre. Cinq îlots d'habitations se dessinent, de tailles différentes et de plans irréguliers. A l'origine, le quartier du théâtre n'atteignait comme surface que celle de l'îlot III, il s'est développé à partir de ce noyau primitif. Deux voies principales permettent de circuler dans le quartier. Ces voies sont la Rue 5 qui borde le quartier à l‘Ouest, et la Rue du théâtre, mentionnée plus haut. [...]
[...] En effet, les maisons comportaient un étage pour la plupart, et bien souvent les propriétaires pour gagner de l'espace en hauteur et tirer parti de la dénivellation du terrain, ajoutaient un balcon donnant sur la rue soutenu à sa base par des colonnades construites sur la chaussée. Celles-ci constituaient une gêne pour la circulation mais semblaient rythmer davantage le relief des façades qui au premier abord semblaient plutôt désuètes. Elles ne possédaient aucun caractère architectural, faites de murs de gneiss ou de granite avec parfois un enduit, présentant une porte unique au rez-de-chaussée. L'étage, quant à lui, s'ouvrait sur la rue par des fenêtres à barreaux ou meneaux. [...]
[...] Cependant, le culte semble se développer en dehors du sanctuaire, dans deux directions, dans la haute vallée de l'Inopos sur les rives du lac, et dans la zone du marais, s'ajoutant, ainsi, au secteur sacré de la plaine. La répartition des lieux de culte est donc scindée en deux groupes, celui de la colline et celui de la plaine. Epoque Archaïque (VIIe siècle av.J-C.- VIe siècle av.J-C.): Dans la seconde moitié du VIIe siècle et dans la première moitié du VIe siècle, il semble que les Naxiens aient joué un rôle important à Délos : on trouve de nombreuses statues d'origines naxiennes et on leur attribue volontiers par exemple, la construction de l'Oïkos dit d'ailleurs des Naxiens. [...]
[...] Parallèlement le renom du sanctuaire se développe lui aussi, les relations internationales et commerciales croissent, permettant à Délos d'accéder à son statut de cité sanctuaire et commerciale. Par ailleurs, la ville jusqu'au VIe siècle se développe suivant les traces de l'habitat antérieur, dans les directions imposées par la géométrie des aménagements primitifs et mycéniens. La plaine plus loin à l'est, et le quartier du Hiéron restent inhabités, tandis que de nouvelles maisons sont bâties sur le flanc de la colline du Cynthe dont les pentes douces permettent l'extension de l'habitat urbain. [...]
[...] Il semble donc qu'Athènes ait continué d'administrer le sanctuaire jusqu'en 315 av.J-C. Cette présence athénienne explique sans doute comme pour les naxiens, la présence du temple d'Apollon, dit Athéniens“ et aussi la présence du culte d'Athéna dont les inscriptions confirment que les Déliens rendaient un culte à “l'Athéna des Athéniens“. La ville, quant à elle, continue sa lente évolution, implantée sur la côte occidentale, dans la plaine, et sur la colline en contrebas du Cynthe, elle ne constitue pas un ensemble compact et dense. [...]
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